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冷泉港实验方案:高通量测序的小RNA文库制备(免费)

【字体: 时间:2012年10月19日 来源:生物通

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  冷泉港实验方案《Cold Spring Harbor Protocols》2012年10月刊发布。按照惯例,有两篇精选文章是供大家免费阅读的。一篇是关于高通量测序的小RNA文库制备;另一篇是关于活体光学显微内窥镜。

冷泉港实验方案《Cold Spring Harbor Protocols》2012年10月刊发布。按照惯例,有两篇精选文章是供大家免费阅读的。一篇是关于高通量测序的小RNA文库制备;另一篇是关于活体光学显微内窥镜。点击下面的标题,可阅读全文。

1. Preparation of Small RNA Libraries for High-Throughput Sequencing

这篇protocol改编自《RNA: A Laboratory Manual》一书,作者是冷泉港实验室的Gregory J. Hannon等。

小RNA是一类重要的体内调节分子,主要包括miRNA、piRNA和siRNA。它的功能主要是诱导基因沉默,参与基因转录后调控,从而调节细胞生长、分化,以及个体发育、生殖等重要生物学过程。随着新一代测序的不断发展,基于测序的小RNA分析方法被迅速采用,以便在转录和转录后水平研究基因调控。利用这种方法,无需预先假设,即可鉴定已知的小RNA,并预测新的小RNA。

此次发布的protocol详细介绍了小RNA文库的制备过程,适用于Illumina/Solexa平台上的测序,但经过一些修改,也可用在其他新一代测序平台(如SOLiD、454)上。这一操作旨在克隆带有5’-单磷酸和3’-羟基末端的典型小RNA分子。2’-O-甲基等修饰的存在会降低其效率。其他末端修饰(如5’三磷酸或3’磷酸)可在克隆之前进行酶处理。

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2. In Vivo Optical Microendoscopy for Imaging Cells Lying Deep within Live Tissue

这篇Protocol改编自《Imaging: A Laboratory Manual》一书,作者是斯坦福大学的Robert P.J. Barretto和Mark J. Schnitzer。

对于完整的哺乳动物大脑中的神经元结构和功能研究,尽管活体显微镜起了举足轻重的作用,但是传统的活体显微镜通常仅限于肤浅的大脑区域,如嗅球、大脑新皮质和小脑皮质。对于更深区域的细胞成像,本文介绍了活体光学显微内窥镜的使用。

显微内窥镜目前有着各种各样的光学设计,实现了一系列空间尺度的成像,其空间分辨率接近传统的水浸物镜。显微内窥镜的探头与便携式的微型显微镜的结合可实现自由活动动物的成像。再结合一系列荧光标记、动物制备和转基因小鼠,显微内窥镜方法可实现精巧的实验设计,让我们了解在健康动物和动物疾病模型中,细胞特征如何反映动物行为和生活经验。(生物通 余亮)

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