分析和比较各种基因组数据的多面手——Partek GS(芯片应用篇)

【字体: 时间:2013年01月31日 来源:基因有限公司

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  Partek®是一家致力于开发与整合用于生命科学研究数据分析软件的公司。该公司的系列软件包括——Partek® Flow™, Partek® Genomics Suite™, and Partek® Pathway™——可以提供基因组数据分析的整体解决方案,也是唯一一家可以提供各种主流芯片和测序平台的数据综合分析解决方案的商业软件公司。

Partek®是一家致力于开发与整合用于生命科学研究数据分析软件的公司。该公司的系列软件包括——Partek® Flow™, Partek® Genomics Suite™, and Partek® Pathway™——可以提供基因组数据分析的整体解决方案,也是唯一一家可以提供各种主流芯片和测序平台的数据综合分析解决方案的商业软件公司。Partek®软件的主要应用方面包括: RNA-Seq, ChIP-Seq, DNA-Seq, DNA甲基化,基因表达量,可变剪接,miRNA表达量,CNV,LOH,关联分析,Tiling,以及qPCR研究。

Partek Genomics Suite (Partek GS) 可以导入和分析所有的主要芯片平台的原始数据和中间数据,例如.CEL, .CHP, .CNT (CNAT), .MSK,以及单色或双色荧光芯片的文本格式数据文件等等。Partek GS还可以自动链接到各种常用的数据库,例如NetAffx,UCSC Genome Browser,IGB等等。

Partek GS适用于表达谱芯片的基因表达分析。在Partek GS中,预置了各种芯片分析工作流程,包括数据访问工具,识别并注释生物学标记,构建及验证预测的诊断分类系统等模块。这个软件可以帮助你完成一站式的数据分析,你可以方便的导入和分析基因的表达量或者其他基因组数据,筛选并注释出你感兴趣的生物学标记,将分析结果图形化后展示予其它的科研工作者交流。

Partek GS适用于分析外显子的表达量,例如分析芯片数据中的可变剪接差异。Partek GS可以提供一种混合模型的方差分析,这种算法可以帮助客户将参数优化,筛选出理想的差异剪辑基因,同时还可以排除掉低表达的基因或者外显子对结果的干扰。

Partek GS适用于microRNA芯片分析。它可以计算microRNA的表达量,并计算Peak值。同时可以根据软件内置的microRNA的结合位点数据库,结合同样本的表达谱数据联合分析,研究microRNA的差异表达对整体转录组的表达影响。

Partek GS 适用于分析表达调控芯片数据,它可以将数以百万计的探针数据进行批量处理和比较,提供全面的比对和分析。例如针对ChIP on Chip实验,Partek GS可以将芯片原始数据导入,进行均一化,将检测到的探针信号比对回基因组区域,注释该区域的基因功能,SNP和序列信息,并将分析结果图形化。

Partek GS适用于分析检测基因组拷贝数变化(CNV)的芯片。Partek GS在分析CNV或者杂合性丢失(LOH)的基础上,可以统计出位于CNV或者LOH区域的基因或者外显子列表,结合这些基因或者外显子表达数据进行联合分析,研究CNV或者LOH对于基因或者外显子表达的影响。Partek GS还可以在此基础上自动预测出起到核心作用的基因、SNP、外显子等信息。该功能可以帮助使用者构建精准的基于CNV,LOH或者SNP的诊断或者预后模型。

Partek GS还支持相关性芯片(SNP芯片)分析。该软件可以基于多种算法进行分型,例如Chi²,Hardy-Weinberg Equilibrium, 和Linkage Disequilibrium。还可以计算每个位点的P-value。分析结果可以输出为普通的列表格式,也可以输出为frequency plots, biplots, 和 heat maps等图形化结果。基于分型结果,还可结合CNV或者LOH数据联合分析。

Partek GS这样一款功能全面的软件已经被优化到可以在标准的台式电脑甚至笔记本上运行,最低的配置要求只有2G内存,适用于Windows、linux和Mac系统。Partek还可以向所有用户提供免费的15天试用版本,用户仅需要在Partek官网(http://www.partek.com/)进行注册并申请试用。

了解Partek GS软件的更多信息

 

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