NGS调查:测序中最大的挑战是什么?

【字体: 时间:2013年11月13日 来源:生物通

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  为了更好地了解新一代测序技术在国内的应用情况,以便为您提供更全面、更有用的信息,生物通在金秋十月开展了新一代测序技术有奖调查。在短短两周的时间内,我们收到了254份有效问卷。在此非常感谢读者们的积极参与,抽奖结果将于11月15日在生物通网站上公布。

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在目前已开展新一代测序的参与者中,半数以上来自大专院校(包括中科院多个研究所),说明科研仍是新一代测序的主力军。而生物技术公司/制药公司的力量也不容小觑,占到20%以上。其余则是医院、政府机构。

在这些参与者中,大约70%的用户正在使用Illumina的测序仪,其中以HiSeq系统最多。另外20%的用户在使用Life Technologies的测序仪,包括Ion PGM、Ion Proton和SOLiD。其余的用户则在使用罗氏454或Pacific Biosciences的仪器。

转录组测序(RNA-Seq)和全基因组测序成为最受欢迎的测序应用。大约58%的参与者会使用NGS测序仪进行转录组测序,而全基因组测序紧随其后,达到45%。其他颇受欢迎的应用包括靶向重测序(28%)、甲基化研究(26%)、ChIP-Seq(25%)等。

随着新产品的不断上市,新一代测序仪的价格正在不断走低,不再成为研究中的主要门槛。那么,在仪器的使用过程中,最大的挑战是什么呢?69%的参与者认为,数据分析是最大的挑战。而22%的参与者将这一票投给了样品制备,只有9%的参与者选择了测序本身。的确,数据分析对于生物学家来说并不是强项,我们还需要不断充电,不断实践,才能胜任。

正是因为数据分析相当困难,四分之一的参与者选择将项目或部分项目外包给专业公司。而大多数人会选择第三方软件或厂家提供的软件进行分析。另外,有16%的参与者会自己写程序,用于数据分析。

(因为是多选,所以总和并非100%)

对于测序中另一个有待改善的方面——样本制备,超过六成的参与者认为时间应缩短,流程应简化。此外,参与者也盼望自动化工具的出现,能够处理FFPE样品,甚至不需要扩增。

(因为是多选,所以总和并非100%)

总的来说,新一代测序仪的用户希望测序质量提高(包括读长、通量),使用成本降低,有更多的分析工具可以使用。

(因为是多选,所以总和并非100%)

(生物通 薄荷)

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