别让rRNA浪费宝贵的测序资源[新品推荐]

创新参选:高效去除rRNA

【字体: 时间:2013年12月27日 来源:生物通

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  尽管新一代测序的费用在不断下降,但仍然不是小case。我们还需要最大限度地利用一次测序反应来获得最多的有用数据。在RNA中,核糖体RNA(rRNA)的丰度最高,占到总RNA的80%以上。这些rRNA所含的转录组信息很少,浪费了宝贵的测序资源,也让特定类型RNA的检测变得困难。

尽管新一代测序的费用在不断下降,但仍然不是小case。我们还需要最大限度地利用一次测序反应来获得最多的有用数据。在RNA中,核糖体RNA(rRNA)的丰度最高,占到总RNA的80%以上。这些rRNA所含的转录组信息很少,浪费了宝贵的测序资源,也让特定类型RNA的检测变得困难。

为此,QIAGEN推出了GeneRead rRNA Depletion Kit,能高效去除总RNA中的rRNA,同时确保mRNA和非编码RNA的完全回收。这个试剂盒能够提高有用数据的比例,保留非编码RNA,因此能够从复杂样品中获得清晰的NGS结果。

GeneRead rRNA Depletion Kit采用一种高效且特异的杂交方法来选择性去除rRNA。这种方法是基于特异寡核苷酸探针的杂交,这些探针可与大的(18s、28s)、小的(5s、5.8s)及线粒体(12s、16s)rRNA杂交。RNA:DNA杂合体被抗体识别,而产生的抗体-杂合体复合物被蛋白G磁珠高效捕获。随后将磁珠从样品中分离,从而去除rRNA。rRNA去除后的样品保留了RNA种类的多样性,包含poly A mRNA、非腺苷化mRNA、非编码RNA以及调控RNA。

与亲和标记法不同,只有杂交后的探针才能被抗体和磁珠捕获系统所识别。因此反应十分高效、快速。残留探针可通过RNeasy® MinElute® Cleanup Kit的RNA纯化来去除。从杂交、捕获到RNA纯化,大部分步骤都可在QIAcube®全自动核酸纯化仪上自动完成。

据介绍,GeneRead rRNA Depletion Kit可高效去除所有种类的rRNA,包括4种主要的核糖体RNA及线粒体rRNA。QIAxcel数据显示,大鼠脾脏总RNA中的18S和28S核糖体RNA已被完全去除。通过qRT-PCR分析去除后的样品,结果显示超过99.9%的核糖体RNA被此试剂盒去除。

在高效去除rRNA的同时,它也保留了其他类型的RNA,而不用担心引入偏向。与传统的poly A纯化相比,这种方法能够保留非腺苷化mRNA和非编码RNA,从而实现对RNA调控和编辑的研究,增进我们对转录组的了解。

GeneRead rRNA Depletion Kit的特点:

• 高效去除超过99.9%的核糖体RNA
• 保留其他类型RNA
• 从人、小鼠和大鼠等多个物种中高效去除rRNA
• 提高信噪比,带来低丰度RNA的灵敏检测
• 充分利用昂贵的测序技术

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