GS Junior HLA分型获得欧洲认可[创新技巧]

【字体: 时间:2013年03月14日 来源:罗氏

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  罗氏454测序在HLA分型方面的应用由来已久。最近,奥地利一实验室对临床样本通过GS Junior测序实现了高分辨率分型,该平台已经于去年底通过欧洲认证,将在纳入奥地利的医疗保险体系,用于病人移植前配型。

罗氏454测序在HLA分型方面的应用由来已久。最近,奥地利一实验室对临床样本通过GS Junior测序实现了高分辨率分型,该平台已经于去年底通过欧洲认证,将在纳入奥地利的医疗保险体系,用于病人移植前配型。

负责该实验的研究人员表示通过GS Junior可以高效、低价以及高分辨率对HLA基因进行分型,结果可用于移植前的配型。该实验室自主建立了测序前样本制备自动化方案,测序实验方案,以及测序后的生物信息分析流程,结合GS Junior的高通量单克隆测序,可以达到现有的Sanger测序HLA分型准确性,而又拥有成本和价格方面优势,足以代替原有方法。

在目前的实验中,一次GS Junior实验可10个样本、每个样本17个外显子同时测序,这些测序位点既包括常用的HLA基因分型测序外显子如HLA I类、II类基因的第2、3外显子,而且为进行高分辨率判断,还包括了额外的部分内含子和外显子区域如HLA-C基因的第7外显子。

文库制备的自动化方案依靠Hamilton的自动化移液平台实现,仅需要一个实验员2个小时的手工操作时间,就可以满足该平台的通量需求,因而保证了GS Junior平台的临床应用。数据分析方面,采用了Conexio公司的一款基于454测序数据而开发的软件,实验室成功建立对大量数据有效数据分析流程。

该实验室在2012年的这一实验平台对172个病人 进行分型,这些病人已有Sanger测序数据以及部分亲属的Sanger测序结果。比较后,发现GS Junior的结果与Sanger结果一致,部分结果甚至达到了更高的HLA基因型分辨率,从而获得了平台认证。

454平台之外,该实验室曾尝试使用其他二代测序平台进行HLA测序,但从目前的数据结果来看其他平台的数据还不能到达HLA分型的要求,主要原因在HLA分析对读长要求高,只有在足够长的读长下才可以保证分型判断的准确性。

除了该实验室自主开发的这一测试之外,罗氏也有基于454平台的HLA分型试剂盒GType HLA Kit可进行高分辨率及中分辨率的分型,此外也有其他实验室在利用454平台开发自己的实验流程。随着更多这类试剂盒及自动化方案的推出,相信将为临床等相关应用提供更多参考信息。

了解454测序在HLA分型方面的更多应用

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