Nature Genetics:外显子组测序揭示葡萄膜黑色素瘤致病基因

【字体: 时间:2013年07月09日 来源:千年基因

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  研究人员应用外显子组测序技术对葡萄膜黑色素瘤进行研究,发现了多个与疾病相关的变异,研究成果发表于Nature Genetics杂志。本研究将有利于在临床上对患者进行更深入的基因分型,并为该肿瘤的靶向药物开发、分子诊断及个性化治疗奠定遗传学基础。

研究人员应用外显子组测序技术对葡萄膜黑色素瘤进行研究,发现了多个与疾病相关的变异,研究成果发表于Nature Genetics杂志。本研究将有利于在临床上对患者进行更深入的基因分型,并为该肿瘤的靶向药物开发、分子诊断及个性化治疗奠定遗传学基础。

葡萄膜黑色素瘤(uveal melanoma)是成年人最常见的原发性眼内恶性肿瘤,在国外其发病率居眼内肿瘤首位,在国内则仅次于视网膜母细胞瘤位居第二位。从染色体分型的角度,可将葡萄膜黑色素瘤分为三号染色体单体型和三号染色体二体型,约一半患者的肿瘤细胞中缺失了一条三号染色体。单体型和二体型患者的预后区别较大,单体型患者很容易发生癌症转移,而二体型患者则较少出现癌转移现象。

在本研究中,研究人员分别对22例葡萄膜黑色素瘤患者(包括10例二体型和12例单体型)的原发肿瘤组织和对应的外周血样本进行了外显子组测序,每个样本的测序数据量在10-17Gb之间。通过对全外显子组范围内的单碱基变异(SNV)、插入缺失(InDel)及相关的结构功能分析和数据库过滤,发现了一系列与葡萄膜黑色素瘤发生、发展相关的基因突变及信号通路。同时,将这些变异与临床表型进行关联分型,对葡萄膜黑色素瘤的致病机制进行了全面的解析。

本研究共发现了6个变异基因与葡萄膜黑色素瘤相关,分别是GNAQ、GNA11、BAP1、EPB41L3、EIF1AX和SF3B1。其中,EIF1AX和SF3B1只在三号染色体二体型样本中检测得到,而BAP1和EPB41L3只能在单体型样本中检测得到。不同的基因突变可能是导致这两种类型肿瘤恶性程度不一样的原因之一,临床表型与基因型之间的关联分析也有力地支持了这一论点。

了解千年基因外显子组测序的更多信息

原文链接:

Exome sequencing identifies recurrent somatic mutations in EIF1AX and SF3B1 in uveal melanoma with disomy 3.

http://www.nature.com/ng/journal/vaop/ncurrent/abs/ng.2674.html

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