全基因组甲基化测序新方法[新品推荐]

在大部分情况下，人类疾病有半数原因与基因遗传有关，而另一半则取决于基因组的外遗传变化。基因组外遗传——表观遗传学的变化，虽然不改变遗传信息，但会导致遗传性质的变化，因此被认为是控制基因活动的“开关”。继人类基因组计划圆满完成之后，人类基因组外遗传计划（HEP）从2003年也开始正式启动。甲基化作为表观遗传学研究中的重要分支内容，一直被广大研究者关注。

从芯片到NGS，从特异性甲基化位点到全基因组甲基化研究，相应的技术也是层出不穷。由基因公司代理的Epicentre品牌*近推出了全基因组甲基化测序的文库构建试剂盒，为您提供更简单、更灵敏、更先进的全基因组甲基化测序文库构建体验！

测序成本大幅度下降使得甲基化组（methylome）的研究成为可能。基于二代测序平台的全基因组甲基化研究，您会使用哪种方法呢？WGBS？RRBS？还是MeDIP？当然，关注不同的甲基化区域，可以选择不同的技术来实现：

技术类型	技术说明	技术特点	技术覆盖区域	技术未覆盖区域
WGBS全基因组重亚硫酸盐测序	用Bisulfite处理，将基因组中未发生甲基化的C碱基转换成U，进行PCR扩增后变成T，与原本具有甲基化修饰的C碱基区分开来。	适用于绘制单碱基分辨率的全基因组DNA甲基化图谱。	CpG islands dense CpG islands less dense CpGs in repeats Non-CpG methylation Genome-wide CpG me	none
RRBS 简化表观亚硫酸氢盐测序	用MspI酶切，该酶的酶切位点为CCGG，从而将CpG位点富集出来。	用较小的数据量得到包含*多CpG位点甲基化信息的单碱基精度的甲基化图谱。	CpG islands dense	CpGs in repeats Non-CpG methylation Genome-wide CpG me CpG island w/o enzyme site
MeDIP 甲基化DNA免疫共沉淀测序	甲基化DNA免疫共沉淀技术，通过5'-甲基胞嘧啶抗体特异性富集基因组上发生甲基化的DNA片段。	精度高，覆盖广。但不能精确到单碱基分辨率。	CpG islands dense CpG islands less dense CpGs in repeats Non-CpG methylation Genome-wide CpG me	none

一提到甲基化测序，首先想到的必然是“金标准”BS-seq，即全基因组重亚硫酸盐测序（whole genome bisulfite sequencing）。该方法的实验原理是前期用Bisulfite处理，将基因组中未发生甲基化的C碱基转换成U，进行PCR扩增后变成T，与原本具有甲基化修饰的C碱基区分开来，再结合高通量测序技术，特别适用于绘制单碱基分辨率的全基因组DNA甲基化图谱。

现有的WGBS方法均为“后Bisulfite处理”法，即先对DNA进行片段化、末端修复、连接测序接头后再使用Bisulfite处理，*后进行PCR扩增。在这个流程中，有几点必须注意：

1. 需使用Covaris对DNA进行片段化；
2. 需进行多个步骤纯化，必须仔细操作，减少样本损失；
3. 需使用特殊的PCR酶和引物；
4. 需使用较多的PCR循环数。

而Epicentre推出的EpiGnome™ Methyl-Seq Kit则使用“预Bisulfite处理”法，在DNA纯化后即使用Bisulfite进行处理，之后再构建文库。这一看似简单的改变，却给整个流程带来了很大的优化：

• 经Bisulfite处理后，产生单链DNA。因此无需使用Covaris进行片段化；
• 减少纯化步骤，降低产物损失——仅需50ng起始样本；减少操作时间——5小时即可完成文库构建；
• 无需使用特殊的PCR酶和引物，仅需10个PCR循环。

相比较Chip-seq的高难度操作，WGBS的复杂流程，EpiGnome™ Methyl-Seq Kit的“预Bisulfite处理”法，有效地简化了甲基化测序样本制备！

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