开启生物分子定量、质控的新篇章——DropSense 96®微滴光谱分析法

【字体: 时间:2014年01月27日 来源:

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  DropSense96多通道分光光度计结合cDrop光谱分析软件,能够对复杂样本中非染料标记的生物分子进行准确定量分析。采用独特的运算法则,通过定义样本中内容物对光谱吸收值的贡献,对目标分子进行高度特异的定量,并分析污染物等含量,对样本质量进行评估。

  样本的质量控制(sample QC)是很多基因组学应用的瓶颈。目标分子如DNA,RNA和蛋白等基于紫外-可见光吸收方法检测有其局限性,如其吸收是非特异的,但也有优势,如益于操作,在一定程度上也能提供关于样本质量的信息(如吸收比率)。荧光检测虽然特异性强,但价格昂贵、耗时,并且也无法提供更多的关于内容物的信息。

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  Trinean创新性的技术平台可提供DropSense96超微量多通道光谱检测仪,进行微量样本紫外-可见光吸收光谱检测,结合cDrop分析软件,采用独特的运算法则,通过定义样本中内容物对光谱吸收值的贡献,对目标分子进行高度特异的定量,并分析污染物等含量,对样本质量进行评估。

  基于吸收光OD比值检测核酸样本浓度及纯度,你能得到哪些信息?

  A260/280和A260/230比值通常被用来评估样本纯度,下面一个简单的实验,使用有RNA、蛋白、苯酚等污染的DNA样本,可见,传统的UV-Vis吸收光检测结果及纯度分析与内容物实际含量有很大偏差。

  一般来说,DNA样本检测结果A260/280比值约为1.8,A260/230比值大于2时,表示样本纯度合格,质量好。而如上表格中结果显示,高度污染的DNA样品基于吸收比率检测时,被评估为纯度合格;且计算的DNA浓度结果偏高。

  Trinean一体化的检测及分析流程,DropSense96可以做为普通分光光度计检测UV-Vis全光谱,结合微流体DropPlate孔板可实现超微量(2ul)检测,进一步cDrop软件分析,可直接对目标分子进行高度特异的定量,并分析污染物等含量,对样本质量进行评估。

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应用:

1.特异性dsDNA定量

  对16个唾液中提取的gDNA使用三种方法进行检测分析,ND-8000 (NanoDrop, Thermo Fisher), DropSense96® (Trinean) 和荧光法PicoGreen®,Quant-iTTM (Life Technologies);DropSense96 UV-Vis光谱经过cDrop软件进一步分析。标准的吸收光定量方法结果明显高于总DNA量(A260),而DropSense96+cDrop成分含量分析法可得到和Quant-iT PicoGreen荧光法检测同样的dsDNA浓度结果。cDrop软件的成分含量分析结果显示A260计算dsDNA含量结果偏高,是由于有RNA残留和样本浊度的影响。

2. 特异性RNA定量

  RNA光谱形状会受到稀释液情况的影响,实际上,A260/A280比值会降低,从在微碱性或缓冲液中的比值2.0,下降到在水中的比值1.5[BioTechniques 22:474-481 (March 1997)]。RNA纯化步骤经常用水洗脱,导致RNA在次优的缓冲液条件中,基于A260/A280比值评估纯度时往往误判结果。

  DropSense96检测水和Tris缓冲液中的纯RNA和其他成分的混合物。cDrop软件的成分含量分析结果在两种缓冲液条件下,包括有其他成分(如DNA、苯酚等)干扰,都可得到准确的特异性RNA定量结果。


3.特异性蛋白定量

  DropSense96+cDrop检测细胞裂解物中总蛋白含量,cDrop能够通过光谱分析把样本中蛋白与核酸、缓冲液区分开来,对总蛋白进行准确定量,节省染色等繁复操作步骤和反应时间。

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