QIAGEN和Illumina NGS产品的使用体会[心得点评]

据GenomeWeb报道，美国分子病理学会（AMP）在其年会之前，举办了一个“公司研讨会日”的活动，让临床研究人员能够就一些最近推出或开发中的分子诊断产品分享用户体会和早期数据。

测序技术比以往更为普遍，而当天的两个报告更是人气爆棚：一个是关于QIAGEN的GeneRead靶向NGS基因panel的表现，另一个是关于Illumina的TruSight One NGS panel最近在一家英国医院中被用于诊断检测。

在QIAGEN赞助的研讨会上，威尔康乃尔医学院（Weill Cornell Medical College）的医学实验室主任Helen Fernandes分享了对QIAGEN的GeneRead DNAseq V2 panels在癌症变异检测上的体会。这也是GeneRead系列产品的首个反馈。

QIAGEN公司在今年7月推出了14种GeneRead DNAseq V2 panels。这些产品被用在测序运行之前，以富集感兴趣的基因。它们也可以定制，包括临床相关的其他基因或区域，并与任何NGS测序仪兼容。其中，“专注的”panel靶定8-25个基因，“疾病特异的”panel靶定40-50个基因，而“全面的”panel靶定多达160个基因。

Fernandes以QIAGEN的完整测序流程开展工作，包括用QuantiMize qPCR试剂盒来评估DNA的数量和质量；GeneRead文库制备；基于qPCR的文库扩增；以及CLC Workbench上的数据分析。QIAGEN的流程如今包含一切，除了测序仪，目前仍处于开发阶段。因此，Fernandes使用赛默飞世尔的Ion PGM仪器，但GeneRead panels与任何NGS仪器兼容。

Fernandes将GeneRead panels与赛默飞世尔的Ion AmpliSeq Hotspot Cancer Panel v2.0进行了比较。那个流程包括Qubit DNA质量控制；AmpliSeq文库制备；安捷伦生物分析仪的文库定量；Ion PGM测序；以及Torrent Variant Caller的数据分析。

据Fernandes介绍，对于之前利用AmpliSeq panel分析过的39个标本，GeneRead流程表现出高的分析性能，对46个EGFR、KRAS和BRAF变异的分析准确性超过99%。此外，她表示GeneRead流程的特异性高于95%，均一性高于90%，且覆盖度要好得多，相当于能自信检出极低水平的突变。

据介绍，QIAGEN流程的其他优点还包括一个内嵌的DNA质量评估步骤；能够调整最初的PCR循环，以便挽救低质量的DNA，这对FFPE样本来说是个福音；以及与IonXpress条形码和多种测序仪兼容。与Ion流程相比，GeneRead也有一些缺点，比如每批处理量小，每个样本需要单独处理，这增加了处理时间，可能不适合大型实验室。总的来说，两个流程的周转时间相当，大约在4-5天。

同时，在Illumina赞助的研讨会上，剑桥大学阿登布鲁克医院的Howard Martin讨论了他们实验室最近采用Illumina的TruSight One Sequencing panel的情况。

TruSight One在去年底推出，覆盖12 Mb基因组内容，包括4813个与已知临床表型相关的基因。它经过特别设计，覆盖最经常订购的分子分析，让实验室能利用这一种检测，就地开展所有研究。

Martin指出，他的实验室一直在采用基于测序的基因检测，并试图通过测序所有相关基因来提高诊断率。然而，利用之前的测序技术，患者需要一次又一次测序，这非常昂贵。因此，Martin的实验室在去年接触了英国基因检测网络，建议开发一种全面的基因panel。大约在同一时间，Illumina推出了TruSight One Panel。此外，研究小组已经拥有了一台Illumina的HiSeq测序仪，因此他们在2月发起了基因组医学创新行动（GEMINI），以TruSight One Panel为核心。

研究小组首先验证了200个样本，它们在74个不同基因上有244个独特突变，发现20倍覆盖度下的结果与Sanger测序结果100%一致。然后，他们对366个样本进行了前瞻性的诊断检测，靶点10000个变异和每个样本中650个独特变异，获得了大约31%的诊断率。Martin还介绍了一个罕见病诊断的案例。他们利用这个panel诊断出一名8个月大的婴儿患有Freeman-Sheldon综合征。

最后，研究小组利用最早开展的143个诊断检测进行了经济评估。他们发现，GEMINI检测中每位患者的平均费用大约为1000美元，而各种替代检测的总费用大约为1373美元。

Martin总结道，TruSight One Panel让他的实验室能够引入一种检测来测序几乎所有的临床相关基因，并显著提高了罕见遗传性疾病的检测。他还指出，与全外显子组测序相比，这个panel在灵活性和诊断率上有优势，而且它比大多数替代检测便宜。

在研究小组发起GEMINI时，Illumina也推出了新的测序平台NextSeq。Martin表示，他的团队已在NextSeq上重新验证了GEMINI panel，并在9月推出了更新的检测服务。（生物通 薄荷）