中国科学家Nature Communications发布新基因组草图

　　

生物通报道  来自浙江海洋学院、上海交通大学、复旦大学等处的研究人员，成功绘制出了大黄鱼（large yellow croaker）的基因组序列草图，由此揭示出大黄鱼具有发育良好的先天免疫系统。相关研究成果发表在11月19日的《自然通讯》（Nature Communications）杂志上。

上海交通大学的贺林（Lin He）院士、浙江海洋学院院长吴常文（Changwen Wu）教授以及复旦大学的Yun Liu是这篇论文的共同通讯作者（延伸阅读：贺林院士综述：疾病全基因组关联分析 ）。

大黄鱼是中国的一种重要经济海生鱼类，主要生活在中国东部和南部的沿海水域。不幸的是，在过去的几十年里野生种群严重遭受过度捕捞。尽管自1985年以来中国的黄鱼人工海产养殖取得了一些进展，水产养殖黄鱼有可能降低了遗传多样性以及抗病力。

此外，水产养殖的黄鱼极易受到各种海洋病原体的侵害，包括细菌（弧菌、诺卡氏菌和假单胞菌）、病毒（虹彩病毒）和寄生虫（刺激隐核虫和本尼登虫）。传染病爆发以及海产养殖黄鱼抗病力下降显著地影响了水产业。研究人员怀疑，黄鱼容易生病有可能是由于其免疫系统的特殊基因组和进化模式所致。

以往在包括黄鱼在内的一系列硬骨鱼类中，科学家们对几种免疫相关基因进行了研究。累积的丰富知识显示出硬骨鱼先天免疫系统的复杂性，而与适应性免疫相关的信息仍然不足。对黄鱼的一些免疫过程进行基因表达分析，发现了编码如Toll样受体（TLRs）、白细胞介素(ILs)、肿瘤坏死因子(TNFs)等先天防御分子的一些基因在感染后显著下调。全基因组测序揭示出大西洋鳕鱼独特的免疫系统：其缺乏编码组织相容性复合物（MHC）II类分子、CD4和恒定链(Ii)的基因。而MHC I类分子基因扩增补偿了CD4+辅助T细胞的缺失。

在这篇文章中，研究人员称利用全基因组测序策略构建出了野生大黄鱼的基因组草图。预计这一基因组的大小为728 Mb，具有19,362个蛋白质编码基因。系统发育研究表明，棘鱼（stickleback）与大黄鱼的亲缘关系最近。先天免疫相关的一些信号通路显著富集了受到正选择作用的快速进化基因。他们还证实了一些基因的存在，并鉴别出对先天免疫重要的一些基因家族发生了扩增。

这些研究结果反映出大黄鱼具有发育良好的先天免疫系统，新研究将有可能进一步改善野生黄鱼的资源保护以及海产养殖。

（生物通：何嫱）

生物通推荐原文摘要：

The draft genome of the large yellow croaker reveals well-developed innate immunity

The large yellow croaker, Larimichthys crocea, is one of the most economically important marine fish species endemic to China. Its wild stocks have severely suffered from overfishing, and the aquacultured species are vulnerable to various marine pathogens. Here we report the creation of a draft genome of a wild large yellow croaker using a whole-genome sequencing strategy……

作者简介：

贺林

中国科学院院士，遗传生物学家，国家杰出青年，“长江”特聘教授。1991年获英国佩士来大学博士学位，1992年在英国爱丁堡大学完成博士后研究，1995年在英国MRC爱丁堡人类遗传学研究所完成高年资研究者工作，1996年起中国科学院研究员，先后担任上海生命科学中心（上海脑研究所）、上海生理研究所、上海生命科学研究院营养科学研究所室主任，2000年起任上海交通大学Bio-X研究院院长，2007年起担任复旦大生物医学研究院院长。两任国家973计划首席科学家，数届国家863计划专家组专家。目前被聘为Biological Experiment and Medicine, Human Genetics等十多种杂志的副主编或编委。

研究方向：疾病与健康（主要集中在单基因病和精神疾病为主的多基因病)，营养与健康，基因与基因组学，个体化医药，DNA计算等。

吴常文

浙江海洋学院院长、党委副书记，博士，教授，博士生导师，国家海洋设施养殖工程技术研究中心主任、浙江省海洋养殖装备与工程技术重点实验室主任、浙江省海洋生物种质资源发掘工程实验室主任、科技部海洋领域国际科技合作基地负责人，中国海洋科技创新引智园区召集人，省“十二五”海洋开发技术重大科技专项咨询专家组组长。入选浙江省“151人才工程”第一层次（重点资助对象）、享受国务院特殊津贴、省有突出贡献中青年科技人员。长期从事海洋生物学、海洋生态学与养殖工程技术教学与研究工作。

发表学术论文154篇，其中SCI收录6篇；获授权发明专利35项、实用新型专利60项。获省部级成果奖12项（其中主持10项），其中教育部科学技术奖一等奖1项、二等奖1项，国家海洋创新成果奖一等奖1项、二等奖4项，农业部中华神农奖二等奖1项，省科学技术奖一等奖1项、二等奖1项、三等奖2项。