现代农业技术领域中SSR、SNP分析的标准化、自动化、数字化方案

【字体: 时间:2014年07月02日 来源:基因有限公司

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  SSR(simple shott repeat)是最具长度变异的基因组序列之一;SNP(single nucleotide polymorphism)是基因组序列中能在种系间稳定遗传的具有多态性的同一位点的单核苷酸。基于这两类序列开发的分子标记是目前最流行的进行生物基因组组装、基因发现、遗传图谱构建、基因功能研究、性状定位和分子育种的最重要工具。基因有限公司根据您的研究思路,为您设计SSR、SNP等分子标记分析的完整解决方案。

SSR、SNP分析技术路线及解决方案

SNP研究的完整思路

说明

微卫星序列(microsatellite)或SSR(simple shott repeat)是最具长度变异的基因组序列之一;SNP(single nucleotide polymorphism)是基因组序列中能在种系间稳定遗传的具有多态性的同一位点的单核苷酸。基于这两类序列开发的分子标记是目前最流行的进行生物基因组组装、基因发现、遗传图谱构建、基因功能研究、性状定位和分子育种的最重要工具。

SSR分析的技术核心是PCR+电泳分析,而SNP分析又因不同数量SNP位点的检测需求而有不同的技术方法可选,对于大于等于1500个SNP位点的检测,首选基因芯片技术,小于1500个SNP位点的检测,尤其在样本量很大时,则首选LGC KASP技术。

从实验设计来讲,第一阶段采用大量样本的全基因组范围SNP基因分型,经过统计学分析找到少量阳性的SNPs,之后的第二阶段再在更大数量的样本中对这些阳性SNPs进行基因分型,最后整合两个阶段的结果进行分析。在第一个阶段,基因芯片或NGS技术对于单个样品的大量SNP检测特点是个很大的优势,而在第二阶段,实验需要检测大量样本的少量SNPs,基于KASP(竞争性等位基因特异性PCR)技术的SNPline基因分型检测方案则更适合于这个阶段的研究。技术路线如上图所示。

自动化流程建设方案:

Labogene冻干系统储存样品 → Bullet Blender组织破碎仪组织匀浆 → Zephyr提取DNA → Biotek酶标仪测核酸OD值→ Zephyr构建PCR体系 → LGC高通量水浴PCR仪进行PCR反应 → Affymetrix基因芯片系统进行低样本量全基因组SNP检测;LGC系统进行高通量样本的小于1500个SNP位点检测;LCGX 进行SSR分析检测。

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