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辞旧迎新,ChIP都有哪些新玩法

【字体: www.ebiotrade.com 时间:2015年12月31日 来源:生物通

摘要:

  染色质免疫共沉淀ChIP的基础理念多年来并没有太大的改变,但开发者们一直在不断进行着优化。在辞旧迎新之际,让我们看看ChIP领域都有哪些值得期待的新东西。

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生物通报道:如果研究者们想知道蛋白在做什么,他们通常会采取直接的方式:免疫共沉淀能知道蛋白A和蛋白B有没有在一起,ChIP能确定蛋白A是否与核酸序列B结合。

染色质免疫共沉淀ChIP可以鉴定与指定蛋白结合的DNA序列,其基础理念能追溯到几十年前。如今ChIP已经成为了表观基因组学的一个基本工具,与新一代测序联合使用可以实现基因组调控区域的定位和图谱分析。

过去人们倾向于将大部分精力放在蛋白编码区域,斯坦福大学医学院的Michael Snyder教授说。“很明显调控区域也是非常重要的。ChIP差不多是找出这些调控区域的最佳途径。”

ChIP实验主要是通过交联把蛋白质-DNA互作固定下来,破碎细胞并释放其中的染色质。随后将DNA打碎成小片段,用针对靶蛋白的抗体捕获我们想要的DNA。最后去除交联复原DNA,再通过PCRDNA芯片或测序进行检测。

ChIP的基础理念多年来并没有太大的改变,但开发者们一直在不断进行着优化。在辞旧迎新之际,让我们看看ChIP领域都有哪些值得期待的新东西。(延伸阅读:成功ChIP的三大秘诀

处理低量细胞

传统ChIP往往需要使用大量的细胞,一百万甚至更多。对于成天与临床样本打交道的研究者而言,FACS分选细胞和FFPE细胞很难达到这样的要求。

在这种情况下,Active Motif公司的ChIP-IT® High Sensitivity kit就是一个不错的选择。从产品资料上看,这种试剂盒适合处理低量细胞(1000个细胞)或低丰度蛋白(50,000个细胞),尤其是一些稀有转录因子。“这是目前我们最畅销的产品之一,”该公司的产品经理Kyle Hondorp说。

                                                    立即索取ChIP-IT® High Sensitivity kit的最新信息

如果你想要对这样获得的DNA进行测序,可以试一试Kapa Biosystems公司的KAPA Hyper Prep Kit。这种试剂盒能用ChIP生成的低量DNA100 pg)构建测序文库,Kapa公司的支持和应用经理Adriana Geldart介绍道。

最近Active Motif公司还发布了低量细胞的ChIP-Seq技术服务,你只需要提供一万个细胞,就能将相关工作丢给他们去做。

固态ChIP

传统ChIP通过偶联蛋白A或蛋白G的琼脂糖或磁性微珠,来沉淀抗体-染色质复合物。Chromatrap公司将这个过程改造成一种基于过滤器的新方法。

Chromatrap分析用蛋白A或蛋白G包被的多孔过滤器取代微珠,省去了许多ChIP相关的传统液体处理步骤。“它基本上是一种固态ChIP分析,”Chromatrap公司的Stephen Knight指出。

这种方式可以显著减少洗脱和移液步骤中的样本损失,“我们加样之后,样品就留在基质中,”产品开发经理Amy Beynon说,“洗脱只需30秒,而微珠需要五分钟。”当然,这也大大缩短了ChIP所需的时间。

 

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