靶向测序:表达谱分析的新选择

【字体: 时间:2015年05月22日 来源:生物通

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  靶向测序让研究人员能够最大限度利用他们的测序运行,将精力集中在那些感兴趣的序列上。例如,Moreno正在测试一种109个基因的集合,其中包括他之前鉴定出的24个基因。为了获得那些数据,Moreno利用Cellular Research的Precise Molecular Indexing分析,来捕获样本中的目标序列。

没有人愿意听到“癌症”这个词。不过在提到前列腺癌时,人们的情绪往往更加复杂:有些人的肿瘤不会扩散,需要积极监控;而有些人就没那么幸运,需要手术或放疗和化疗。医生所面临的挑战是正确的诊断,再加上适当的治疗。

Carlos S. Moreno是埃默里大学温希普癌症研究所(Winship Cancer Institute)的副教授。他和他的同事决定寻找生物标志物,来帮助分类。他们选择的分析是RNA测序(RNA-seq)。研究小组从106个前列腺样本中提取RNA,去除核糖体RNA,合成cDNA并制备测序文库。在分析了大量碱基之后,研究小组发现了与肿瘤进展密切相关的基因表达特征。1

“我们确定了一组共24个基因,能非常准确地判定手术后会复发的患者,”Moreno谈道。“它比一些市售的分析集合更好,而且它有望检测侵袭性的前列腺癌。”

当研究人员寻找生物标志物,但又不知去哪里寻找时,这种策略很有意义。不过,全转录组的RNA-seq实验从资金和计算角度来看都是昂贵的,于是研究人员改为关注转录组的一小部分,以降低复杂性。

长短结合

与芯片和qPCR的方法不同,NGS是“无偏向的”,它不需要研究人员提前知道它们要找什么。它显示了每条序列有多少分子存在,以及转录本结构和序列变异的细节。不过,这都取决于实验如何运行。

Illumina的测序仪将长的DNA打断成数千万甚至上亿个片段,每个的长度为几百个碱基。它的测序深度意味着研究人员通常可以识别罕见的序列,但这也让转录本的组装很复杂,也就是说,弄清楚哪些外显子是在同一条转录本上。

Pacific Biosciences产生的读取更长,但较少,每四小时的运行大约产生75,000条读取,读长平均为10,000 bp。这让研究人员能够从头到尾地读取转录本,这在鉴定新颖的转录本异构体时特别有用。

考虑到这两种方法的优势互补,许多研究人员在转录组分析时综合了PacBio和Illumina的方法。

麻烦的是,NGS的好处是随测序深度而增加。因此,尽管RNA-seq能检测到新颖的转录本和异构体,“但实际上,大多数人都不会测得那么深,”Affymetrix表达业务部的首席科学家Anthony Schweitzer说。为了平衡预算和规模,研究人员往往在每个测序通道中挤进多个样品,降低每个样品的成本及测序深度。高丰度的转录本会大量占用测序读取,导致罕见的转录本可能永远都看不到。

2014年9月,测序质量控制(SEQC)项目发表了RNA-seq测序性能的跨平台分析结果。2 他们利用Illumina、Life Technologies和罗氏的测序技术,在10个实验室中测序了两个参考RNA样本。之后,他们将超过10 Tb的数据与芯片和qPCR的数据集进行比较。

研究小组发现,全面捕获人类转录组的丰富性相当难。据Illumina的产品营销主管Kevin Meldrum介绍,对于表达谱分析,Illumina建议获得1000万条读取,而发现性的工作需要5000万条读取。然而,SEQC研究人员甚至在10亿条读取中仍检测已知的转录本。

新型策略

靶向测序让研究人员能够最大限度利用他们的测序运行,将精力集中在那些感兴趣的序列上。例如,Moreno正在测试一种109个基因的集合,其中包括他之前鉴定出的24个基因。为了获得那些数据,Moreno利用Cellular Research的Precise™ Molecular Indexing分析,来捕获样本中的目标序列。

Precise分析让研究人员能够在cDNA合成和扩增过程中引入6500条独特的序列条形码,以克服扩增偏向,并准确估计转录本的丰度。通过计算条形码,而不是读取,研究人员能够确定每条转录本有多少个拷贝。Cellular Research的销售经理Martin Pieprzyk解释:“这就像一张电影票。即使我复制10份,你也知道它们是副本,因为每个都有唯一的编号。”

Moreno表示,他之所以选择Precise方法,是因为这种分析能处理极少量的RNA,这是exosome研究的一个关键因素。此外,这项技术也能降低实验成本。“由于只测序少数基因,那么你可以在单个通道中对多个患者的样本进行多重分析,”他说。据他估计,成本会降低一个数量级,甚至更多。

其他公司也推出了替代的靶定策略。Illumina有TruSeq Targeted RNA Expression试剂盒,覆盖p53和Wnt等信号通路,也能添加12-1000个基因的定制分析。据Meldrum介绍,此试剂盒与MiSeq和NextSeq 500测序仪兼容,是基于靶向序列的PCR扩增。

罗氏NimbleGen也提供四种SeqCap RNA试剂盒:富集长链非编码RNA的预设计试剂盒,以及捕获多达100 Mb人类序列目标或200 Mb非人类或非传统转录组的定制试剂盒。

传统方案

当然,研究人员也可以利用传统的PCR来靶定。在最近一项研究中,瑞典乌普萨拉大学的研究人员利用这种方法来寻找慢性髓性白血病(CML)中的BCR-ABL1突变。研究小组从6名CML患者的血液或骨髓样本中扩增出1.6 kb的BCR-ABL1 cDNA,并在PacBio系统上测序,产生约32,000条读取。3

研究小组能够发现Sanger测序错过的突变,并区分同一转录本上的突变。他们还发现新的转录本异构体。“这很惊人,因为基因融合的发现已经有20年了,”PacBio的首席科学家Jonas Korlach指出。“你觉得一切都是已知的,但有了新的技术,我们看到了新的东西。”

(作者:Jeffrey M. Perkel / 生物通编译)

参考文献

[1] Long, Q, et al., “Global transcriptome analysis of formalin-fixed prostate cancer specimens identifies biomarkers of disease recurrence,” Cancer Res, 74:3228-37, 2014. [PubMed ID: 24713434]

[2] SEQC/MAQC-III Consortium, “A comprehensive assessment of RNA-seq accuracy, reproducibility and information content by the Sequencing Quality Control Consortium,” Nat Biotechnol, 32:903-14, 2014. [PubMed ID: 25150838]

[3] Cavelier, L, et al., “Clonal distribution of BCR-ABL1 mutations and splice isoforms by single-molecule long-read RNA sequencing,” BMC Cancer, 15:45, 2015. [PubMed ID: 25880391]

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