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派森诺新品发布:环状RNA测序服务

【字体: www.ebiotrade.com 时间:2016年1月13日 来源:派森诺

摘要:

  CircRNA于2012年被科学家发现,2013年Nature杂志报道两篇关于CircRNA的研究成果,由此关于CircRNA的研究开始引起科学家的重视。利用高通量测序技术可鉴定CircRNA在生物样本中的种类、表达丰度及结构,对CircRNA的研究起到重要的推动作用。

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环状RNA(Circular RNA, CircRNA),是一种广泛存在于生物体内的特殊RNA分子,与线性RNA相比,稳定性高,现已证实CircRNA广泛存在于生物体内,与线性RNA相比,稳定性高,对microRNA具有重要调控作用。CircRNA于2012年被科学家发现,2013年Nature杂志报道两篇关于CircRNA的研究成果,由此关于CircRNA的研究开始引起科学家的重视。利用高通量测序技术可鉴定CircRNA在生物样本中的种类、表达丰度及结构,对CircRNA的研究起到重要的推动作用。

项目流程:
           RNA样品
           样品检测
           去除rRNA
           去除线性RNA
           CircRNA片段化
           双链cDNA合成
           片段选择和PCR扩增
           上机测序
           数据质控
           生物信息分析

分析内容:

分析项目

原始数据整理、过滤及质量评估

参考基因组注释信息整理

比对到参考基因组及结果评估

eggNOG分类分析

circRNA筛选

circRNA表达量统计

circRNA来源基因分析

circRNA差异表达分析

差异circRNA  GO富集分析

差异circRNA  KEGG富集分析

差异circRNA  聚类分析

microRNA结合位点分析

 

 

CircRNA测序

样本要求

RNA样品总量: ≥4 μg RNA样品浓度: ≥80 ng/μL

rRNA去除

Illumina rRNA去除试剂盒

线性RNA去除

Illumina RNase R

文库类型

链特异性文库

测序平台

Illumina HiSeq 4000/NextSeq 500平台

读长模式

2×150bp

数据量要求

5G/10G

项目周期

50个工作日

案例分析1:
RNA结合蛋白QKI调节环状RNA的形成

The RNA Binding Protein Quaking Regulates Formation of circRNAs

澳大利亚南澳大学,南澳病理学研究所的研究人员通过高通量测序和蛋白组学等手段,对人HMLE细胞系细胞和发生上皮间质转化(epithelial-mesenchymal transition,EMT)后的mesHMLE细胞进行了研究,发现EMT过程中大量的circRNA的形成会受到RNA结合蛋白QKI的动态调控,并且证实插入QKI蛋白结合位点的正常线性剪接体也会形成新的circRNA结构。这些发现表明了circRNA在EMT即上皮间质转化中发挥着特定的生物学作用。

图1 全转录组的总circRNA和来源于无差异高丰度转录本的circRNA的分布比例

图2 circRNA及其同源线性mRNA的丰度差异倍数的相关性


 
图3 circRNA在HMLE(上皮细胞)和 mesHMLE(间质化细胞)中的相对丰度

案例分析2:
天然环状RNA有效的起到micro RNA海绵的作用

Natural RNA circles function as efficient micro RNA sponges

mi RNA活性已被证明受mi RNA海绵体存在的影响, 奥尔胡斯大学分子生物学和遗传学、神经生物学研究等研究人员在人和小鼠脑中发现高度表达的环状RNA,称之为ci RS-7。在老鼠大脑中,我们观察到ci RS-7和mi R7共表达,尤其是在皮层和海马神经元,说明高度的内生互动;进一步研究证明睾丸中特殊的环状RNA--Sry,作为一个mi R - 138海绵体,表明mi RNA海绵体普遍受到环状RNA结构的影响。


 
图1  ci RS-7的结构、保持和异源表达


 
图2 ci RS-7和mi R-7之间的交互作用


 
图3 ci RS-7作为一个海绵体作用于mi R7


 
图4 环状 Sry RNA与mi R - 138相互作用

参考文献:
Conn S J, Pillman K A, Toubia J, et al. The RNA Binding Protein Quaking Regulates Formation of circRNAs[J]. Cell, 2015, 160(6): 1125-1134.
Thomas B. Hansen,Trine I. Jensen,et al.Natural RNA circles function as efficient micro RNA sponges[J].Letter,2013,1-7.

上海派森诺生物科技股份有限公司
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全国免费热线:4009-202-898                            
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