中国水稻研究所曹立勇和程式华课题组：水稻中与产量相关性状多效性有关的一种新的QTL

——qHD5的精细定位和候选基因分析

　　

抽穗期（HD）是水稻生命周期中的一个重要事件，同时也是不同水稻品种适应特定生长地区和应对不断变化的光线条件的重要生态特征。水稻不仅在确保世界粮食安全方面发挥重要作用，也是遗传和基因组学研究的模式植物。

在这项研究中，中国水稻研究所曹立勇和程式华课题组，利用转录组测序技术对两种品系的水稻进行了研究，并通过实时定量RT-PCR进行验证，将与抽穗期相关的数量性状位点基因qHD5精细定位到水稻5号染色体短臂上大小为52.92 kb的区域。该实验取两个近等基因系（NIL）水稻，采集其叶片进行转录组测序分析。研究发现，主要影响数量性状位点（QTL）的qHD5基因，被认为是导致NIL（BG1）和NIL（XLJ）水稻在长日照和短日照条件下产生至少10天的抽穗期差异的单个孟德尔因子。之前的研究中，qHD5最初被定位到基因组上大小为309.52kb的区域。而在本研究中，研究者们利用先进的BC4F3种群和基于图谱的克隆，进一步将qHD5的位置精确到H71和RD502标记之间大小为52.59kb的区域。序列分析显示编码AP2（APETALA2）转录因子的Os05g03040基因，在NIL（BG1）和NIL（XLJ）之间具有6个单核苷酸多态性（SNP）。在此基础上，该基因被认为是qHD5最可能的候选基因。

研究结果还表明Hd3a，RFT1，Hd1，Ehd1和Ghd7在两个NILs水稻中差异表达。此外，本研究还发现qHD5会影响产量相关性状，如叶片宽度、长度，分枝数和1000粒重。

 
图 qHD5的定位

本研究中的转录组测序由联川生物协助完成。

用户文章
Sun B，et al.(2016) Fine mapping and candidate gene analysis of qHD5, a novelmajor QTL with pleiotropism for yield‑related traits in rice(Oryza sativa L.) Theor Appl Genet. DOI 10.1007/s00122-016-2787-y

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