Fluidigm推出单细胞TCR测序产品[新品推荐]

【字体: 时间:2016年06月13日 来源:生物通

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  为了在单细胞水平实现深度的T细胞分析,Fluidigm近日在C1™系统上推出了一个全新的免疫学应用 – Single-Cell TCR Sequencing。这个应用可揭开每个细胞的T细胞受体(TCR)α和β链,同时发现相应的基因表达特征,为研究人员拷问T细胞的功能反应提供了一种新方法。

生物通报道 解析细胞表型是免疫学中一个共同的单细胞分析目标。然而,T细胞受体V(D)J基因区域的随机重排带来了T细胞群体的复杂变化。这形成了庞大的T细胞部队,以便识别特定的外源蛋白,引发有效的免疫反应。

为了在单细胞水平实现深度的T细胞分析,Fluidigm近日在C1™系统上推出了一个全新的免疫学应用 – Single-Cell TCR Sequencing。这个应用可揭开每个细胞的T细胞受体(TCR)α和β链,同时发现相应的基因表达特征,为研究人员拷问T细胞的功能反应提供了一种新方法。

这种方法是由欧洲分子生物学实验室(EMBL-EBI)和Sanger研究院的研究人员开发的,不久前发表在《Nature Methods》杂志上。它从单个T细胞的RNA测序数据中重建配对的T细胞受体(TCR)序列,将T细胞的特异性与功能反应相关联。(延伸阅读:单细胞测序为研究免疫反应提供新方法

新的方法将C1系统上成熟的单细胞全转录组测序流程与一种名为TraCeR的生物信息学工具相结合,从单细胞RNA测序数据中重建T细胞受体的序列。这个工具包括参考文件,可用于人类和小鼠的测序数据。

“几乎每个T细胞都有不同的序列和抗原特异性。我们相信,单细胞TCR测序及TraCeR为研究人员带来了一种工具,可探索T细胞受体序列的多样性,并将抗原特异性与特定功能反应相关联,”EMBL-EBI的资深科学家Michael Stubbington谈道。

单细胞TCR测序是在C1系统上实现的第15种单细胞方法。其他方法包括RNA测序、靶向基因表达、miRNA分析、基因组测序和外显子组测序、靶向基因测序和表观遗传学应用。每个应用的操作方案、文献数据等可在Script Hub上找到。

“我们开发C1系统,其目标是实现广泛的单细胞应用,以解决日益复杂的生物学问题。通过与EMBL-EBI和Sanger这样的顶尖机构合作,单细胞研究界可利用不断扩展的C1应用来了解那些与健康相关的重要机制,”Fluidigm的高级营销副总裁Pete Betzelos说。“我们期待这个单细胞应用能够促进对免疫相关疾病的了解,并有助于新型免疫疗法的开发。”(生物通 余亮)

了解Fluidigm的单细胞TCR测序产品及其他产品

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