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PacBio发布新款测序仪的数据集

【字体: www.ebiotrade.com 时间:2016年9月29日 来源:生物通

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  Pacific Biosciences公司周二发布了拟南芥(Arabidopsis thaliana)的数据集和de novo基因组组装结果,这是首次在新款测序仪Sequel系统上完成,利用了两个SMRT Cell,运行时间为12小时。

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生物通报道 Pacific Biosciences公司周二发布了拟南芥(Arabidopsis thaliana)的数据集和de novo基因组组装结果,这是首次在新款测序仪Sequel系统上完成,利用了两个SMRT Cell,运行时间为12小时。

这不是PacBio第一次发布拟南芥的数据集。三年前,他们发布了PacBio RS II的拟南芥组装结果,利用的是P4-C2试剂和85个SMRT Cell,运行时间高达255个小时。四个月后,他们利用改进的P5-C3试剂发布第二版的数据集,将SMRT Cell数量减少到46个,而时间也缩短至138小时。

在PacBio博客上,他们简单介绍了一下整个过程。纯化的拟南芥基因组DNA被剪切成32 kb左右,之后转换成SMRTbell模板,然后在BluePippin系统(Sage Science)上开展20 kb的大小选择。每个SMRT Cell上样144 pM浓度的文库,并利用改进后的试剂在Sequel系统上运行6个小时。总的来说,两个SMRT Cell产生了10.8 Gb的数据,包含在110万条序列中,其中一半的序列长度超过16,400 bp。

以下是三次组装的结果对比。

测序指标

PacBio RS II

P4-C2试剂)

PacBio RS II

P5-C3试剂)

Sequel系统

发布时间

20139

20141

20169

SMRT Cell的数量

85

46

2

运行时间(小时)

255

138

12

碱基数量(Gb

11.0

15.9

10.8

序列数量(M

4.25

2.30

1.14

N50读长(bp

7,700

11,900

16,400

组装统计

PacBio RS II

P4-C2试剂)

PacBio RS II

P5-C3试剂)

Sequel系统

发布时间

20139

20141

20169

组装大小(Mb

121.7

124.5

122.9

Polished Contigs

331

239

238

Contig N50Mb

6.2

6.7

10.4

最长ContigMb

13.0

13.2

15.0

PacBio表示,最新的试剂改进使得DNA需求量大大减少。在这之前,在Sequel系统上运行多个大型基因组计划所需的DNA往往令人望而却步。如今,试剂改进之后,上样浓度与PacBio RS II相当。

与三年前首次发布的数据相比,拟南芥的基因组组装虽然不是开创性的,但是各方面都有了改进。这种模式生物的数据集表明,有了最新的改进,Sequel系统能够让复杂真核生物的高质量组装变得常规。据介绍,这种试剂正在测试中,将在测试完成后提供。

Sequel系统于2015年年底上市。它仍然采用PacBio经典的SMRT技术,但体积和重量仅为PacBio RS II系统的1/3左右,价格也降了不少。同时,它的测序通量也提高7倍,让测序速度更快价格更便宜。

如果你想查看此次拟南芥组装的数据,请点击这里

PacBio推出Sequel新版测序试剂v1.2.1,数据质量大幅提升。欢迎索取资料>>

(http://www.ebiotrade.com/)
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