PacBio发布新款测序仪的数据集

生物通报道 Pacific Biosciences公司周二发布了拟南芥（Arabidopsis thaliana）的数据集和de novo基因组组装结果，这是首次在新款测序仪Sequel系统上完成，利用了两个SMRT Cell，运行时间为12小时。

这不是PacBio第一次发布拟南芥的数据集。三年前，他们发布了PacBio RS II的拟南芥组装结果，利用的是P4-C2试剂和85个SMRT Cell，运行时间高达255个小时。四个月后，他们利用改进的P5-C3试剂发布第二版的数据集，将SMRT Cell数量减少到46个，而时间也缩短至138小时。

在PacBio博客上，他们简单介绍了一下整个过程。纯化的拟南芥基因组DNA被剪切成32 kb左右，之后转换成SMRTbell模板，然后在BluePippin系统（Sage Science）上开展20 kb的大小选择。每个SMRT Cell上样144 pM浓度的文库，并利用改进后的试剂在Sequel系统上运行6个小时。总的来说，两个SMRT Cell产生了10.8 Gb的数据，包含在110万条序列中，其中一半的序列长度超过16,400 bp。

以下是三次组装的结果对比。

测序指标

	PacBio RS II （P4-C2试剂）	PacBio RS II （P5-C3试剂）	Sequel系统
发布时间	2013年9月	2014年1月	2016年9月
SMRT Cell的数量	85	46	2
运行时间（小时）	255	138	12
碱基数量（Gb）	11.0	15.9	10.8
序列数量（M）	4.25	2.30	1.14
N50读长（bp）	7,700	11,900	16,400

组装统计

	PacBio RS II （P4-C2试剂）	PacBio RS II （P5-C3试剂）	Sequel系统
发布时间	2013年9月	2014年1月	2016年9月
组装大小（Mb）	121.7	124.5	122.9
Polished Contigs	331	239	238
Contig N50（Mb）	6.2	6.7	10.4
最长Contig（Mb）	13.0	13.2	15.0

PacBio表示，最新的试剂改进使得DNA需求量大大减少。在这之前，在Sequel系统上运行多个大型基因组计划所需的DNA往往令人望而却步。如今，试剂改进之后，上样浓度与PacBio RS II相当。

与三年前首次发布的数据相比，拟南芥的基因组组装虽然不是开创性的，但是各方面都有了改进。这种模式生物的数据集表明，有了最新的改进，Sequel系统能够让复杂真核生物的高质量组装变得常规。据介绍，这种试剂正在测试中，将在测试完成后提供。

Sequel系统于2015年年底上市。它仍然采用PacBio经典的SMRT技术，但体积和重量仅为PacBio RS II系统的1/3左右，价格也降了不少。同时，它的测序通量也提高7倍，让测序速度更快价格更便宜。

如果你想查看此次拟南芥组装的数据，请点击这里。

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