如何拯救濒临灭绝的犀牛？基因组测序和解读来帮忙

　　

生物通报道  犀牛是一种体型庞大的动物，在动物园中经常可以看见。不过，也许你还不知道，由于犀牛角贸易引发的盗猎活动，以及栖息地的严重破坏，所有犀牛都面临着灭绝的危险。目前，研究人员正在完成犀牛基因组的组装，以解读犀牛的进化关系和生物学，希望能拯救这些濒危的动物。

在近日召开的动植物基因组大会上，瑞典自然历史博物馆的Love Dalén介绍了他们为三个犀牛物种建立参考基因组的工作，这三个物种分别是黑犀牛（Diceros bicornis）、苏门答腊犀牛（Dicerorhinus sumatrensis）和已灭绝的披毛犀（Coelodonta antiquitatis）。

据Dalén介绍，目前犀牛科还有五个种的活犀牛，大约起源于3000万至4000万年前。这些犀牛正在频临灭绝，例如，北非白犀牛现在只有三头，全部被圈养。南方白犀牛则由于大量的保护工作而有所改善。

在黑犀牛测序项目中，Dalén及其同事利用Illumina HiSeq X和HiSeq 2500测序系统生成了数据，并利用一些不同的策略进行de novo组装。在不断改善基因组后，他们计划对另外20只黑犀牛的基因组进行重测序，以便了解黑犀牛的多样性、局部适应等。

苏门答腊犀牛因数量锐减也引起人们的关注，目前仅剩50-100头。与其他团队合作，Dalén的团队利用HiSeq 2500系统对一只雄性的苏门答腊犀牛的基因组DNA进行测序，并利用三种方法开展基因组组装。

他表示，研究人员已经开始对犀牛基因组进行一些初步的群体分析。他们计划对20头苏门答腊犀牛的基因组以及一些历史样本进行重测序，以便梳理遗传变异的改变，为未来的保护工作提供信息。

此外，Dalén及其团队还对28,500年前的披毛犀基因组进行了测序，平均覆盖度大约为3倍。之前的研究表明，苏门答腊犀牛是披毛犀的近亲。研究人员认为，有披毛犀的基因组在手，他们应该能更好地了解灭绝的时间以及现有犀牛物种的分歧时间。

Dalén及其合作者在PAG大会的摘要中写道：“从所有犀牛物种中产生完整的基因组序列，是探索犀牛科的进化关系的先决条件。此外，提供参考基因组将让未来的项目成为可能，他们有望开发出遗传监测的标志物，评估群体基因组结构和局部适应。”（生物通  薄荷）