华大基因BGISEQ-500平台上两篇RNA测序文章连续发表

BGISEQ-500是华大基因自主研发的首款桌面型高通量测序系统，采用先进的联合探针锚定聚合技术（cPAS）和改进的DNA纳米球（DNB）核心测序技术，提供一站式、开放性的基因测序全面解决方案，具备精准、简易、快速、灵活、可拓展等优点，既能充分适用临床检测，也能满足更广泛的科研需求。

　　

BGISEQ-500平台的RNA-Seq 文章

Comparative transcriptome analysis of chemosensory genes in two sister leaf beetles provides insights into chemosensory speciation. Insect Biochem Mol Biol. 2016 Dec; 79:108-118.

文献名称：两个叶甲姐妹种化学感应基因的比较转录组学分析，揭示化学感应物种形成

发表时间：2016年11月9日

发表单位：中国科学院动物研究所等

研究概述

文章中使用BGISEQ-500平台做RNA-Seq，研究叶甲姐妹种中化学感应直系同源基因差异表达情况，以期找到与物种形成有关的基因。用qRT-PCR验证RNA-Seq结果，随机挑了12个验证，验证结果显示BGISEQ-500 RNA-Seq定量结果与qPCR一致性很高。

研究设计

研究结果

1、  转录组组装和注释：

发现两个姐妹种的转录组高度相似，整体上是低分歧的，与预期相符。

2、  化感基因注释与构建进化树：

注释化学感应基因，并进行进化分析，构建Maximum Likelihood (ML)树，鉴定两个种的化学感应基因直系同源对及了解和其他昆虫的关系。

3、  与物种形成有关的化感基因筛选：

发现一些正选择下高表达和差异表达的化学感应基因在化学引导的生殖隔离和生态隔离中可能起了关键作用。

BGISEQ-500 RNA-Seq定量准确

文章中利用BGISEQ-500 RNA-Seq研究化学感应基因差异表达情况。选取4个P. aenescens 和3个P. maculicollis 样品做生物重复，以转录组de novo数据做参考序列，筛选差异表达的化学感应直系同源基因。用qRT-PCR验证RNA-Seq结果，随机挑了12个基因做验证。从图1中可以看出，BGISEQ-500 RNA-Seq定量结果与qPCR一致性很高。客户文章数据证明了我们的BGISEQ-500 平台定量准确！

表1 显著性差异表达的化学感应物种形成的候选直系同源基因

图2 随机挑选12个直系同源基因，两个种基因表达量倍数比值（P. aenescens/P. macilicollis）的RNA-Seq和qRT-PCR比较

文章链接

http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S096517481630162X

BGISEQ-500平台的Small RNA文章

cPAS-based sequencing on the BGISEQ-500 to explore small non-coding RNAs. Clinical Epigenetics. 2016 8:123.

文献名称：基于cPAS的BGISEQ-500平台非编码小RNA测序研究

发表时间：2016年11月21日

发表单位：德国萨尔兰大学、华大基因

研究概述

此次研究首次利用基于联合探针锚定聚合技术（cPAS）的BGISEQ-500平台对人样品（脑、心脏、血液）进行Small RNA高通量测序，并与HiSeq平台、芯片比较。优化的联合探针锚定聚合技术（cPAS）使得测序数据具有很高的技术重复性(相关性系数高达0.99)，BGISEQ-500平台是对现有测序平台的补充，是Small RNA测序研究的优选平台。

研究设计

研究结果

1、  BGSIEQ-500平台技术重复性高：

测序技术重复平均相关性系数达0.98，部分样本间可至0.99。

2、  BGISEQ-500平台与HiSeq平台及芯片平台三者比较相关性基本一致：

BGISEQ-500平台与HiSeq平台测序检测已知miRNA定量相关性达到0.75。

3、  血液样品miRNA表达分布，BGISEQ-500平台与芯片分析结果基本一致：

HiSeq平台测序数据比对到miR-451a仅有0.8%的reads, BGISEQ-500平台测序数据比对到miR-451a高达45.9%的reads，而在芯片数据中发现miR-451a有37.2%的reads比对。

文章主要比较三种miRNA研究平台的技术， 为什么BGISEQ-500平台测序检测到miRNA技术重复性更好，与芯片已知miRNA定量结果更一致呢？ HiSeq平台采用桥式PCR，DNA指数扩增测序；BGISEQ-500平台采用DNA纳米球（DNB），线性DNA扩增测序，此种扩增技术不会累积扩增错误而产生测序偏向性。

图1 BGISEQ-500平台技术重复相关性分析

图2 a. BGISEQ-500 与HiSeq平台miRNA表达量相关性分析

图3 HiSeq平台、BGISEQ-500平台和芯片平台数据中表达量排名前10 miRNA表达量占比

文章链接

http://clinicalepigeneticsjournal.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13148-016-0287-1

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