癌症研究必读3：如何评估癌症中的生殖系突变

基因组技术可用于检测与癌症相关的生殖系突变。基于芯片的研究可鉴定弱易感变异，因为它们的实验设计与全基因组关联研究（GWAS）相似，为大量样品的基因分型提供了一种经济的方法。不过，靶向测序研究让研究人员能够关注那些已知或怀疑在癌症易感性中起作用的基因。

基因组技术可用于检测与癌症相关的生殖系突变（表2）。基于芯片的研究可鉴定弱易感变异，因为它们的实验设计与全基因组关联研究（GWAS）相似，为大量样品的基因分型提供了一种经济的方法。不过，靶向测序研究让研究人员能够关注那些已知或怀疑在癌症易感性中起作用的基因。

靶向测序可检测常见的生殖系突变

靶向测序集合让研究人员能够快速对那些已知或疑似的癌症相关基因进行测序，以了解常见的生殖系突变。与所有测序集合一样，靶向测序方法可作为单基因检测的一种快速且经济的替代，并实现比WGS更高的测序覆盖度。

基于芯片的方法

在评估癌症风险时，芯片是一种强大且高通量的方法。目前的芯片格式支持每块芯片上最多分析24个样品，适合大样本量的高通量基因分型研究。Illumina的高密度BeadChip芯片可以拷问与乳腺癌、结肠直肠癌、肺癌、卵巢癌和前列腺癌有关的数十万个SNP，以及与祖先和药物遗传学相关的性状。此外，自定义的内容也可以添加到现有的预设计BeadChip芯片上，允许研究人员调查感兴趣的特定变异。

表2：Illumina评估癌症易感性的测序和芯片方案

	主要特点/优点	基因组内容	DNA/RNA起始量	测序深度	数据分析工具
靶向测序
TruSight Cancer Sequencing Panel	全面覆盖与癌症易感性相关的基因 文库制备需1.5天	255 kb ~4000个探针，94个基因a,b	50 ng	20倍	MiSeq Reporter Enrichment Workflow 或BaseSpace Enrichment Apps
Illumina芯片
Infinium® OncoArray-500K BeadChip	120,000个自定义标记 每块芯片上24个样品	~500,000个来自乳腺癌、结肠直肠癌、肺癌、卵巢癌和前列腺癌的SNP c	200 ng	NA	GenomeStudio® Genotyping Module
Infinium iSelect HD Custom Genotyping BeadChips	拷问几乎任何物种的任何SNP 拷问SNP、CNV或indel 每块芯片上24个样品	3072-1,000,000个尝试的微珠类型	200 ng	NA	GenomeStudio Genotyping Module

a. 此内容是由遗传易感性领域的知名专家Nazneen Rahman教授设计的，靶向与遗传性癌症相关的94个基因，以及通过GWAS研究发现的284个SNP。
b. 研究人员也可以在TruSight Cancer上添加内容，利用Illumina DesignStudio工具创建自定义的集合。
c. 与OncoArray联盟10的前沿专家合作开发，这是NCI支持的肿瘤学遗传关联和机制（GAME-ON）联盟、加拿大基因组、魁北克基因组和英国癌症研究所的前沿专家之间的一项国际合作。

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