让精准医学更精准：从蛋白质组学加入癌症登月计划说起

　　

蛋白质组学加入癌症登月计划

去年初，奥巴马提出精准医学；今年初，癌症登月计划（Cancer Moonshot 2020）让精准医学正式落地。随后，科学家发文呼吁：生命活动的实际承担者、大部分的疾病标志物、绝大多数的药物治疗靶标都是蛋白质，因此，癌症登月离不开蛋白质组学。随着CPTAC针对TCGA肿瘤样本蛋白基因组分析第一期的完成，越来越多的科学家逐渐意识到蛋白质组学对癌症精准治疗的重要性。

终于，今年7月，美国VA、DoD、NCI三部门联合宣布将建立第一个同时进行基因信息和蛋白信息表征的医学系统，把基因组和蛋白质组作为常规检测手段，对癌症病人进行个性化蛋白基因组表征，为更快速、更精准地用药提供指导。第一步将进行8000个癌症病人的队列研究。

9月的HUPO上，CPTAC宣布将进行TCGA肿瘤样本第二期和第三期的蛋白基因组研究，开展大规模临床实验，验证蛋白质组层面的癌症表征对更快速、更精准制定治疗方案的指导作用。同时，7个国家和地区（澳大利亚、韩国、中国大陆、中国台湾、瑞士、加拿大、德国）联合宣布加入“癌症登月计划”，合作开展大规模癌症样本的蛋白基因组研究。

至此，蛋白质组学正式加入“癌症登月计划”。做了十多年蛋白质组的苦逼小编，终于看到了蛋白质组学迎来曙光。

Thermo Fisher加入癌症登月计划
无独有偶，作为唯一拥有基因组、转录组、蛋白质组、代谢组四大组学全部解决方案的工业界“巨无霸”，Thermo Fisher也在上个月宣布加入“癌症登月计划”，先定了个小目标：第一步将参与血液活检数据库（Blood Profiling Atlas）建设。

公司CEO Marc N. Casper在接受采访时说：“癌症登月是一项雄心勃勃、困难重重的项目，需要最优秀人才和最先进的技术加入，我们将专注于高效率的癌症筛查、诊断、监测、治疗，并将我们的专业技术和获得的数据奉献给精准医学”。

Biognosys与Thermo Fisher联合推广临床样本数字化DIA-MS解决方案
蛋白质组样本数字化致力于将临床样本转化为数字样本。它是实现多组学层次的生命健康大数据，构建数字样本库和疾病数据库的利器。DIA-MS是最适合蛋白质组样本数字化的技术：它重现性好、方法统一、定量准确度高，特别适合规模化、标准化的组织、体液、活检样本的采集。

DIA-MS的推动者是蛋白质组学大牛Ruedi Aebersold，他于2012年发展的SWATH-MS被广泛认识。然而DIA-MS的规模化临床应用存在两个瓶颈：一是高灵敏、高分辨、高精准的质谱技术，以获得高质量数据；二是快速、准确、高通量、一键式的数据处理软件，以更精准地解读数据。
为了突破软件瓶颈、更好地将样本数字化推向临床，Ruedi主导成立Biognosys公司，致力让DIA-MS更快、更准、更简单，其核心产品Spectronaut实现了超过1000个DIA原始文件同时分析（小编被震精了(⊙ˍ⊙)）、一键式操作、极高谱图解析率、平均峰面积CV<10%等“壮举”。
刚刚on-line的NatureBiotech（doi:10.1038/nbt.3685）比较了目前常用的DIA-MS软件，无论是准确度、灵敏度还是速度，Spectronaut均排名第一。

质谱方面，Orbitrap技术的飞速发展有效突破了DIA-MS的硬件瓶颈。Biognosys公司配备了三台质谱均为Orbitrap，分别为Lumos, QE和QE HF。为什么Ruedi和Biognosys转而选择Orbitrap？事实已经说明了一切。

10月，Biognosys正式登陆中国，并与Thermo Fisher联合，分别利用软件和硬件优势，突破瓶颈，打通DIA-MS全流程，实现真正适用于临床大规模样本数字化的一键式DIA-MS解决方案，引发多家实验室的强烈关注和争相试用。

苏黎世大学医院与Thermo Fisher合作建设临床样本数字化平台

瑞士知名医院——苏黎世大学医院（University Hospital Zurich）在今年HUPO宣布与Thermo Fisher合建数字化病理样本实验室，将Thermo领先的DIA-MS解决方案用于癌症活检样本数字化，构建癌症蛋白质组数字样本库与数据库，致力于在未来让癌症诊断和治疗像Google检索那样简单。

该合作平台的领导者，ETH的Bernd Wollscheid博士同时宣布将基于该平台开展“苏黎世癌症地图”（Zurich-Cancer-Maps）项目，首期将进行上万例癌症病人活检样本的数字化和蛋白质组表征，在蛋白质组层面解读基因组，寻找癌症个性化治疗新方案。

“赛魔”带你“飞”——日趋成熟的蛋白基因组与多组学整合策略

随着三篇CNS文章的报道和“癌症登月计划”的纳入，蛋白基因组这一熟悉而又陌生的名词逐渐进入大家的视线。由于蛋白基因组的复杂性、临床研究的严谨性，Orbitrap又成了目前唯一胜任蛋白基因组分析的平台╮(╯▽╰)╭。

在刚刚结束的一年一度的华大基因ICG盛会上，Thermo Fisher生命科学质谱副总裁Ken Miller博士受邀做大会报告，为大家详细解读了蛋白基因组的最新进展、重要意义和实施方案。Ken Miller博士强调，蛋白质组与基因组的结合，才能够让精准医学更精准。

如果你还是对蛋白基因组一头雾水，没有关系，我们国内的资深应用工程师周岳关于蛋白基因组学与多组学整合的网络讲座视频刚刚上线，他深入浅出地讲解了蛋白基因组学到底在做啥、怎么做，满满的都是干货。欢迎各位围观，相信一定能让你拓宽视野。以下的视频地址的二维码。

除此之外，蛋白质组学在表观遗传、免疫学研究中的重要性也逐渐显现，各类会议报告、学术成果不断，想深入了解的童鞋可以搜搜曹雪涛院士今年的文章和综述，相信一定会有收获。
\(^o^)/YES!

（来自“Orbitrap组学俱乐部”报道）