270个与七种疾病有关的基因座，Nature Genetics验证假说

　　

生物通报道：多年来，自身免疫疾病和炎症疾病的研究已经鉴定出了数百个与这些病症相关的遗传区域。同时，表达数量性状基因座（eQTLs）的相关研究也揭示了正常人群中基因表达水平遗传变异的丰度。目前科学家们大多认为大多数疾病相关基因座是通过基因表达中的调节性变化影响疾病风险，但这种假说并未得到验证，尤其是大多数影响疾病风险的遗传基因座是否也可以被eQTL检测到。

为了验证这一假说，来自布莱根妇女医院（Brigham and Women's Hospital，BWH）的研究人员分析大约270个与七种疾病相关的遗传基因座，尝试在关键免疫细胞中利用eQTL将它们映射致病基因上，这一研究成果公布在Nature Genetics杂志上。

在高等生物中，许多重要生理性状及复杂疾病都是数量性状，如农作物的产量和人类的高血压、糖尿病等，这些复杂性状受到多个基因和环境因素的控制。为了有效地研究多基因控制的复杂性状，数量性状基因座（QTL）分析技术在20世纪90年代应运而生，有效地将控制数量性状的众多主效基因定位在相应的染色体上。

在这篇文章中，研究人员分析了大约270个与七种疾病相关的遗传基因座，其中55个候选基因关联与未受刺激的免疫细胞中的基线基因表达的变化具有强统计学一致性，但是这只是其中的少部分基因座，大约为25％。而余下的研究人员没有观察到eQTL数据中与自身免疫性疾病相关性一致的任何信号，尽管事实上与其它疾病相比，更容易从血液样品获得疾病相关的细胞群体。

文章作者表示，“如果只是基于与疾病的相关性来推断观察到的eQTL的病理相关性，那么就必须十分谨慎“。因此在进行耗时又昂贵的实验性解析之前，需要先获得共有遗传效应的有力证据。

此前，在美国国立卫生研究院基因型-组织表达（GTEx）项目的资金资助下，美国研究人员曾构建出了一个新数据资源，可以帮助确立个体基因组构成之间的差异对于基因活性的影响以及对疾病的贡献。

甚至在多个组织中活化之时，同一变异有时在不同的组织中也可以产生不同的影响。例如，GTEx研究人员发现有一个变异影响了两个与血液相关的基因的活性，虽然在其他组织中有着更高的总体基因活性，它对胫动脉中血压相关的基因表达造成了更强的影响。牛津大学的Manuel Rivas博士和同事们利用 GTEx数据和来自一个大型欧洲项目的信息，研究了600多人的基因读值。研究小组发现一些PTVs是通过降解基因转录物或是破坏剪接过程来影响了蛋白质生成。研究人员利用GTEx数据在两种情况下检测了一些个体和组织类型中的这些效应。研究小组现正在开发更好的方法来预测患者中发现的一些PTVs的影响。

（生物通：万纹）

原文检索：

Paper cited: Chun S et al. "Limited statistical evidence for shared genetic effects of eQTLs and autoimmune-disease-associated loci in three major immune-cell types." Nature Genetics DOI: 10.1038/ng.3795