结肠癌亚型单细胞分析

一项由新加坡、印度、美国三国共同开展的计算基因组学项目，鉴定了11种结肠癌肿瘤和附近临近的非癌细胞的细胞组成。为更有针对性的结肠癌诊断和治疗开启了一扇门。

　　

生物通报道：一项由新加坡（通讯作者Shyam Prabhakar和Iain Beehuat Tan）、印度、美国（通讯作者Paul Robson）三国共同开展的计算基因组学项目，鉴定了11种结肠癌肿瘤和附近临近的非癌细胞的细胞组成。为更有针对性的结肠癌诊断和治疗开启了一扇门。

来自杰克逊实验室的科学家，本文的共同第一作者，Elise Courtois说，根据不同细胞组成，结肠癌可以被分为不同的亚型。由于这些亚型的生存概率各不相同，亚型的鉴定为肿瘤学家的预后和治疗方案的设计提供了更好的保障。

肿瘤基因组测序的进展推进了肿瘤亚型的分类，能够对以提高患者生存率为目的的精准治疗起到指导作用。然而，肿瘤组织中，包括癌细胞和非癌细胞，它们都参与了肿瘤的生物学发生和发展。

迄今为止，通过大体积的转录组学研究方法，这些肿瘤基因的表达已经被描绘出一个大体的轮廓，单细胞水平的转录组学手段，实质上代表着可以鉴定更多种类的细胞类型。利用单细胞转录组学技术，我们现在可以将肿瘤拆解成不同的组成部分，因此而更好的了解其潜在生物学特性。

通过杰克逊实验室单细胞生物学主任Robson、新加坡基因组研究所的计算生物学家Shyam Prabhakar、以及新加坡国立肿瘤中心的肿瘤医学影像学家Iain Beehuat Tan共同领导的研究小组的努力，利用单细胞RNA测序，鉴定了626个从肿瘤组织中随机挑选的细胞（包括肿瘤细胞和非肿瘤细胞）。计算检测每个细胞的转录组（即细胞中的所有信使RNA），通过他们设计的新算法，研究人员确定了两个不同亚型的肿瘤相关成纤维细胞（CAFs）。之前的大体积肿瘤转录组学数据显示了一种肿瘤细胞进程，上皮间质转化与间充质基因的表达相关。而该项研究显示，正是这些CAFs显著地促进了间充质基因的表达。这意味着，CAFs参与造成了一些结肠癌患者更差的预后。

Robson指出，单细胞转录组分析的成本持续下降，这方面研究将会使肿瘤学家会得到更好的机理分析，从而指导他们开发相应的治疗方案。

原文标题：Reference component analysis of single-cell transcriptomes elucidates cellular heterogeneity in human colorectal tumors

（生物通：欧阳沐）