中科院上海研究院在生物信息领域重要期刊发表文章

【字体: 时间:2017年04月18日 来源:中科院

编辑推荐:

  中国科学院上海生命科学研究院、浙江农林大学、上海生物科技有限公司联合在国际著名生物信息学期刊《Briefings in Bioinformatics》发表了的最新研究进展。该课题组开发了一款pre-mRNA可变剪接分析软件,并利用该软件研究了剪接蛋白SRSF10在不同物种中的剪接调控模式的保守和演化。

  

随着基因组测序的不断发展,科学家们发现编码蛋白质的基因数量并不是随生命的复杂程度增加而增加。在不断探索中,人们发现真核基因转录首先会产生mRNA前体(pre-mRNA),然后按照特定的剪接方式产生成熟mRNA。有些基因的pre-mRNA通过不同的剪接方式会产生不同的mRNA剪接异构体,这一过程被称作可变剪接(或选择性剪接,alternative splicing)。可变剪接是调节基因表达和蛋白质组多样性的重要机制,它让同一个基因能够编码出不同的转录产物和蛋白质产物,因此,也是产生基因组规模与生物复杂性之间矛盾的根源之一。

细胞核内的pre-mRNA经过5’加帽、剪接、3’末端切割加尾部等步骤形成成熟的mRNA,成熟mRNA再被输出细胞核选择性翻译或降解。这些步骤并非简单的线性顺序,而是在转录物延伸期与转录同时发生。一般认为可变剪接有5种基本形式:内含子保留;可变的5’端;可变的3’端;外显子盒、互斥外显子等。由于这一过程所涉及的信息量巨大,因此国内外研究人员开发了一些专业的可变剪接分析软件。但是目前主流的几款软件,如DSG seq、Splicing Graph等相对只关注外显子或内含子等其他方面的计算,不够全面。开发一款针对所有物种和所有已发现的可变剪切类型的检测软件将提升可变剪接领域的研发效率和结果准确程度。

最近,中国科学院上海生命科学研究院冯英组、浙江农林大学的吴文武博士、上海生物科技有限公司的宗杰博士联合在国际著名生物信息学期刊《Briefings in Bioinformatics》发表了的最新研究进展。该课题组开发了一款pre-mRNA可变剪接分析软件CASH(Comprehensive Alternative Splicing Hunting),并利用该软件研究了剪接蛋白SRSF10在不同物种中的剪接调控模式的保守和演化。

索取上海生物芯片国家工程研究中心的转录组测序与分析服务的详细技术资料请填写联系方式

pre-mRNA可变剪接事件的发现,是研究可变剪接的前提步骤,而基因组注释(包括人类、拟南芥等最受重视的模式生物)存在不准确或未注释的可变剪接;不同细胞或组织中往往又存在异常的可变剪接事件,这些可变剪接事件的发现是生物信息学的研究难点。在前期研究基础上,吴文武博士和宗杰博士等开发了可变剪接分析软件CASH,该软件利用高通量转录组数据,根据剪接位点直接构建可变剪接事件,进而揭示样本间发生差异表达的可变剪接事件;与其他软件比较结果显示,CASH在发现新的或异常的可变剪接事件方面,具有显著性优势。

基于此软件,进一步研究了剪接因子SRSF10的可变剪接调控,发现SRSF10所调控的基因在不同物种间保守性较差,但SRSF10结合的位点基序及其调控产生的剪接效应在物种间具有高度的保守性。

CASH软件可为其他研究者在可变剪接的发现方面提供便利,为其进一步开展可变剪接的功能研究提供必要支撑;剪接因子SRSF10参与的可变剪接调控研究有助于深入了解可变剪接发生的分子机制过程。

目前,已经有很多实验表明,可变剪接在产生受体多样性、控制调节生长发育方面都起到决定性作用,在神经系统和免疫系统,它对机体的系统功能和反应敏感程度都极其重要。因此,pre-mRNA可变剪接分析的简化、具体化和准确化将有助于许多疾病的病因分析和治疗方法的探索。

原文标题:CASH: a constructing comprehensive splice site method for detecting alternative splicing events

相关新闻
生物通微信公众号
微信
新浪微博
  • 搜索
  • 国际
  • 国内
  • 人物
  • 产业
  • 热点
  • 科普
  • 急聘职位
  • 高薪职位

知名企业招聘

热点排行

    今日动态 | 人才市场 | 新技术专栏 | 中国科学人 | 云展台 | BioHot | 云讲堂直播 | 会展中心 | 特价专栏 | 技术快讯 | 免费试用

    版权所有 生物通

    Copyright© eBiotrade.com, All Rights Reserved

    联系信箱:

    粤ICP备09063491号