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PacBio将推出新的应用程序,协助稀有变异等分析
【字体: 大 中 小 】 时间:2017年05月10日 来源:生物通
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随着新一代测序的日渐普及,大家手头的数据越来越多,不过,数据分析也成了更大的难题。为了帮助大家应对挑战,Pacific Biosciences公司将推出三款新的应用程序,可用于稀有变异、结构变异和微生物WGS的分析。
生物通报道 随着新一代测序的日渐普及,大家手头的数据越来越多,不过,数据分析也成了更大的难题。为了帮助大家应对挑战,Pacific Biosciences公司将推出三款新的应用程序,可用于稀有变异、结构变异和微生物WGS的分析。
据PacBio的Lance Hepler介绍,Juliet是新的稀有变异软件流水,可扩展到新的疾病和生物体。它提供了一种靶向扩增子方法,可在参考序列的指导下实现一键式的分析。Juliet目前可处理de novo密码子变异。插入和缺失变异将被忽略,但未来的版本可能会支持。
Hepler认为,如今的挑战是从测序噪音中可靠地识别1%的变异。他表示,在6000x的覆盖度下,Juliet可以做到这一点。目前报告的假阳性率和假阴性率分别低于1%和0.001%。这款软件可区分稀有变异和PCR异源双链分子。Juliet将在SMRT Link 5.0中正式发布,现在可以在Github上使用。
对于结构变异(SV)的检测,长的读长无疑具有很大的优势。Hepler提到了2011年发表在《Genome Biology》杂志上的一篇文章。几位专家认为,外显子组测序的限制因素在于不能很好地发现结构变异,而结构变异与孟德尔疾病和进化过程存在关联。
据Hepler介绍,PacBio已经发现了人类基因组中的20,000种结构变异,而Illumina测序只发现了4,000种。就在去年年底,斯坦福大学的研究人员称,他们利用PacBio Sequel仪器来测序一名身患未知疾病的个体的全基因组,并找到了致病突变,而之前利用短读长测序技术漏掉了这个突变。(延伸阅读:PacBio临床再显身手)
事实上,Hepler表示,人类群体中的大部分结构变异至今仍未发现。样本量的增加将提高结构变异的发现率,但不需要对每个人进行深度测序。测序量的增加将发现群体中更多低频率的变异。
Hepler提出的模型认为,假设读取长到足以鉴定所有变异,以50倍覆盖度对1,000个人进行测序,则可以检测到群体中以5%、1%和0.5%频率存在的几乎所有变异。若覆盖度只有5倍,这个模型并不会受到太多影响;只有0.5%频率的变异的灵敏度低于100%。
对于微生物的全基因组测序,Hepler认为PacBio一向是金标准,并强调多重分析细菌样品是提高通量和效率的关键。PacBio将推出细菌多重分析的流程,与PacBio RS II和Sequel系统兼容。他建议在PacBio RS II系统上用每个SMRT cell分析两种微生物,在Sequel系统上用每个SMRT cell分析12-16种微生物。(生物通 余亮)