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什么?多倍体、同源性高的SNP位点也能做!

【字体: www.ebiotrade.com 时间:2017年7月18日 来源:基因有限公司

摘要:

  KASP,竞争性等位基因特异性PCR,可谓是众多SNP分型技术中的一批黑马,并迅速占领市场,以其位点设计的强灵活性、分型结果的高准确性为学者所知,今天小编给大家仔细讲讲KASP技术位点设计方面的灵活性都具体表现在哪些方面。

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KASP,竞争性等位基因特异性PCR,可谓是众多SNP分型技术中的一批黑马,并迅速占领市场,以其位点设计的强灵活性、分型结果的高准确性为学者所知,今天小编给大家仔细讲讲KASP技术位点设计方面的灵活性都具体表现在哪些方面。

1. 引物设计方向上(这一部分简单介绍)

KASP技术会设计两条特异性引物和一条反向通用引物,前者用于竞争性识别SNP的两个等位,如下图所示:


 
重点在于识别SNP位点的碱基位于引物的一端,也就是说如果SNP上游序列无法设计特异性高、GC含量适中的引物,可以考虑在SNP的下游设计两条特异性引物,将通用引物设计在SNP上游,也就是下图所示(请忽略具体序列):


 
下面重点介绍同源性高、多倍体物种如何设计高特异性的引物

Anchoring site,锚定位置,也就是说寻找目标序列中的独特碱基,设计在引物中,提高引物对目的序列的识别度,提交序列时如下图所示:


 
注:”< >”符号标示anchoring位点,且建议anchoring位点距离SNP不超过70bp,一条序列中可设计多个anchoring

Option 1:高度同源性

我们将目标序列进行Blast时,发现同源性特别高,如下图所示:


 
第一条序列中的“K”(T/G二等位)是目的SNP位点,Blast比较可以看出下游的“G”碱基是其特有的,也就是说该碱基可作为此目标SNP序列的anchoring位点,那么提交序列时,请参考下图:


 
Option 2:多倍体

对于多倍体物种,如下图所示,小麦拥有A、B、D三套基因组,故欲研究具体某套基因组中SNP的分型情况更是需要通过严格的序列对比,找出anchoring位点,提高引物特异性。


 
上图中可以看出D和B基因组中在同一位置存在“S”(C/G二等位)多态,但在D中,该SNP位点的上游存在特异的“C”碱基,而在B中,SNP位点的下游区域存在特异的“T”碱基,也就是这两个位点可分别作为这两套基因组的anchoring碱基,序列提交如下图所示:

如此强悍的技术怎能没有靠谱的服务呢?

上海贝晶生物技术有限公司(Shanghai Baygene Biotechnologies Company Limited)是基因集团(Gene Group Holdings)全资子公司。位于上海闵行区紫竹国家高新区,拥有1300多平米标准化的研发及生产区域,强大资深的生信分析团队及实验技术人员,专注为广大科研工作者提供基因分型、生物芯片等前沿实验室技术服务。

话不多说,咱们直接看看针对多倍体物种,我司KASP服务真实结果(已征求客户同意):


 
上图是六倍体小麦SNP位点分型结果,三型独立,分型明确,call rate高达100%;


 
上图是四倍体棉花SNP位点分型结果,三型独立,分型明确,call rate高达100%,也就是说KASP技术+贝晶生物强强联合,即使是复杂基因组物种SNP分型,那都不是事儿~

欲了解我司KASP SNP分型服务,欢迎联系下方负责人:

成小姐
Tel / Wechat:18817595251
Email:
Shirley_cl@baygene.com

(http://www.ebiotrade.com/)
版权所有,未经书面许可,不得转载

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