Nature Methods报道：单细胞RNA测序重要进展

纽约基因组中心（NYGC）在单细胞RNA测序方面取得重要进展。

　　

生物通报道：单细胞RNA测序（single-cell RNA sequencing）极大地推进了基因组学领域，使不同细胞类型得以精细区分，容许科学家们在单细胞水平进行疾病机制研究。

与测序相结合的转录组和抗原表位细胞索引（Cellular Indexing of Transcriptomes and Epitopes by sequencing ，CITE-seq），通过转录组/信使RNA（mRNA）测序，能同时测量单细胞表面成千上万个表面蛋白标记物。

今日《Nature Methods》杂志刊登了来自NYGC研究组的一篇有关CITE-seq的概念证明文章。研究人员在8000个单细胞转录组中监测了10种表面蛋白，完成了迄今为止最大规模的多维单细胞分析论证。

NYGC科技创新实验室的科学家，CITE-seq开发领导者Marlon Stoeckius说：“如果想在同一尺度同时测量转录组和蛋白质组，除了CITE-seq，目前别无他法。在不影响数据质量的基础上，CITE-seq为转录组分析增加了一些已知的方法。”

过去，如果想在单细胞RNA测序样品制备前捕捉个体细胞的蛋白质信息，人们通常使用流式细胞术（cytometry）。但是这种方法不仅吞吐量（可分析细胞数量）受到限制，而且能检测的蛋白质标志物也相对较少。

CITE-seq的蛋白质检测组件建立在DNA条形码抗体基础上。伴随着细胞转录组DNA条形码抗体被捕获，继而产生序列读出。

运用CITE-seq生产蛋白质和RNA的融合数据，需要定制数据分析。这部分工作由Rahul Satija博士实验室合作完成。为了验证CITE-seq的力量，研究人员选用多模态数据鉴定自然杀伤（natural killer，NK）细胞亚类，仅凭转录组学通常难以区分这类细胞。

CITE-seq的细胞群精细区分能力对许多临床研究应用具应用价值。“其中一个可能的方向是检测肿瘤标本内单个肿瘤细胞和浸入肿瘤的不同免疫细胞池。这种方法对肿瘤异质性深层表征和新疗法发展都非常有用，”Stoeckius博士说。

单细胞表面蛋白和转录组信息检测，原本近乎“鱼和熊掌不可兼得”的两个实验，《Nature Methods》从检测规模和灵敏度等方面证明了CITE-seq的强大功能，相信不久的将来，这种新型方法会在各大实验室普及。

原文标题：Simultaneous epitope and transcriptome measurement in single cells

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