华中农大王卫民组:鉴定和表征斑马鱼中的circRNA

【字体: 时间:2017年08月23日 来源:联川生物

编辑推荐:

  在鱼类研究中,已经分析了腔棘鱼的circRNA,然而斑马鱼circRNA数据仍然未被研究。本研究利用circRNA测序及生物信息学分析方法,对斑马鱼组织中的circRNA进行鉴定和表征,为进一步研究鱼类circRNA的功能提供依据。

  

环状RNA(circRNA)是一种新型的内源性非编码RNA,其3'和5'末端的共价键形成环形结构。研究表明circRNA比线性RNA更稳定,并且能够在RNase R处理条件下存在,是一类具有特殊功能的RNA。

在鱼类研究中,已经分析了腔棘鱼的circRNA,然而斑马鱼circRNA数据仍然未被研究。作为模式生物,斑马鱼中约70%的基因与人类是直系同源的,其对人类疾病的研究做出了重要贡献。

本研究利用circRNA测序及生物信息学分析方法,对斑马鱼组织中的circRNA进行鉴定和表征,为进一步研究鱼类circRNA的功能提供依据。

本研究利用高通量测序技术及三种预测算法(find_circ,CIRI,segemehl)对斑马鱼中的circRNA进行了分析,共鉴定出3868个circRNAs。通过将这些circRNA与斑马鱼基因组序列进行比较,共发现五种组成类型的circRNA(外显子,内含子,有义重叠,反义和基因间circRNA),含量分别为24.48%,19.62%,39.30%,3.18%和13.42%。对circRNA的microRNA靶点分析表明,一些circRNA可能起到miRNA海绵( miRNA sponge)的作用(如 dre-miR-2193)。本研究发现只有25个(2.64%)外显子circRNA的侧翼区域存在反向互补序列,这表明斑马鱼外显子circRNA生物发生机制可能与哺乳动物不同。此外,分析发现1122个(29%)斑马鱼circRNA序列显示出与人、小鼠和腔棘鱼circRNA具有同源性。


 
图 斑马鱼circRNAs鉴定

参考文献
Shen YD ,et al. (2017) Identification and characterization of circular RNAs in zebrafish. FEBS Letters . doi:10.1002/1873-3468.12500

本研究中的circRNA测序服务由联川生物提供

联川生物为研究人员提供从circRNA鉴定到调控靶基因功能分析的一站式解决方案

获取更多用户研究案例,请访问www.lc-bio.com或拨打咨询热线0571-87662413
 
关于联川生物
联川生物成立于2006年,经过多年的快速发展,已成为业界领先的多组学技术服务商。公司拥有具有自主知识产权的µParaflo®微流体定制化芯片平台,可以为科研用户提供从基因组,转录组,到蛋白组的高通量定制化表达谱芯片解决方案。我们是全球首家提供microRNA表达谱芯片分析的服务商。作为国内最早提供高通量测序技术服务的公司之一,联川生物拥有经验丰富的技术团队和一流的生物信息学专家组,可以为研究人员提供多组学测序服务和深度个性化数据分析解决方案。为满足研究人员跨组学高通量研究需求,联川生物已将蛋白质组定量分析引入技术服务线,为用户提供贯穿中心法则的全程解决方案。多年来,联川生物一直与国内的科研团队保持着长期紧密的合作,助力科研人员在生物、医学、和农林领域的科学发现。全球科研用户使用联川生物的优质科研服务和高质量组学实验数据已发表了逾600篇高水平研究论文,其中已在Cell,Nature,Science系列顶级期刊上发表论文30余篇。

相关新闻
生物通微信公众号
微信
新浪微博
  • 搜索
  • 国际
  • 国内
  • 人物
  • 产业
  • 热点
  • 科普

热搜:circRNA|斑马鱼|

  • 急聘职位
  • 高薪职位

知名企业招聘

热点排行

    今日动态 | 人才市场 | 新技术专栏 | 中国科学人 | 云展台 | BioHot | 云讲堂直播 | 会展中心 | 特价专栏 | 技术快讯 | 免费试用

    版权所有 生物通

    Copyright© eBiotrade.com, All Rights Reserved

    联系信箱:

    粤ICP备09063491号