专家谈数字PCR在液体活检中的应用[创新技巧]

【字体: 时间:2017年08月04日 来源:生物通

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  液体活检(liquid biopsies)为研究人员打开了一扇新的大门。它不仅仅是非侵入性的诊断检测,还可以监控病程和指导治疗。近日,美国Dana-Farber癌症研究所的胸腔肿瘤医生Geoffrey Oxnard接受SelectScience采访,介绍了微滴式数字PCR技术在液体活检中的应用。

生物通报道  液体活检(liquid biopsies)为研究人员打开了一扇新的大门。它不仅仅是非侵入性的诊断检测,还可以监控病程和指导治疗。为了深入挖掘信息,研究人员需要灵敏可靠的技术。近日,美国Dana-Farber癌症研究所的胸腔肿瘤医生Geoffrey Oxnard接受SelectScience采访,介绍了微滴式数字PCR技术在液体活检中的应用。

作为一名肿瘤科医生,Geoffrey Oxnard博士专攻非小细胞肺癌的治疗。他的临床研究主要是为了改善肺癌的认识和治疗。具体来说,他研究肺癌靶向治疗的获得性耐药、罕见肺癌的靶向治疗,以及非吸烟者的家族性肺癌。近来,他还对血液中的游离DNA进行分析,以便对肺癌进行基因分型。

EGFR和KRAS突变是肺癌中最常见的驱动突变。针对这两个关键基因,Oxnard博士领导的团队利用QX100™ 微滴式数字PCR系统,开发出ddPCR检测。这些检测已被证明是快速且可靠的,为临床研究人员提供了肿瘤内基因异常的快照。这项成果去年发表在《JAMA Oncology》上(延伸阅读)。

Oxnard博士介绍了检测的整个流程。他们从EDTA抗凝管中取出血液并离心。最好是在采血4小时内,不过迟一点也没关系。他们提取出DNA,并用PCR试剂将其乳化成微滴。每个微滴只携带相当于一个细胞的DNA。每次检测产生2万个微滴,然后开展ddPCR反应。最后在微滴分析仪上读取结果。

对于ddPCR的优势,Oxnard博士表示,如果你正在寻找一个基于PCR的重点检测,那么ddPCR是完美的。它更快速、更便宜,同时也非常可靠。ddPCR是定量的,并且有非常高的灵敏度和特异性。因此它成为血浆游离DNA和肿瘤DNA基因分型的首选分析。

不过,Oxnard博士也指出,高灵敏度也意味着它容易被污染,所以你需要非常干净的操作程序。你还需要清楚对每个患者的样本进行什么样的检测,因为样本量的限制,每个样本大约可以做5次检测。验证新的ddPCR检测很花时间和精力,但由此产生的检测也让实验室受益无穷。

对于未来的肺癌研究,Oxnard博士希望在治疗时对患者进行监控,这个在目前还做得不太理想。某些患者的治疗可彻底清除血浆中的肿瘤DNA,这是一个非常有利的信号。如果患者在治疗后仍然带有可检测的突变,那么这些患者很可能复发并形成耐药性。

他认为,非侵入性的基因分型不仅要在治疗前使用,以便指导治疗,还要在治疗期间使用,以便跟踪治疗效果或疾病进展。目前,这个概念尚未得到全面研究,不过值得进一步的分析。(生物通 余亮)

了解Bio-Rad最新款的微滴式数字PCR系统

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