Nature人物：寻找“不同世界”的方法，破译单细胞的奥秘

　　生物通报道：纽约基因组中心的科学家Marlon Stoeckius利用研发的一种称为CITE-seq的新方法，在8000个单细胞转录组中监测了10种表面蛋白，完成了迄今为止最大规模的多维单细胞分析论证。

在Stoeckius获得了他的博士学位之后，他成为了Nikolaus Rajewsky实验室的一名成员，在那里他提出了新问题：“如何能用某种技术解答某个问题？我是否可以“模仿”这个技术？”。在2015年，他加入了纽约基因组中心的新技术创新实验室，在那里他和他的同事们开发了一种高通量的技术，可以同时检测单个细胞的内部和外部特征。

这就是与测序相结合的转录组和抗原表位细胞索引（Cellular Indexing of Transcriptomes and Epitopes by sequencing ，CITE-seq）技术，过去如果想在单细胞RNA测序样品制备前捕捉个体细胞的蛋白质信息，人们通常使用流式细胞术（cytometry）。但是这种方法不仅吞吐量（可分析细胞数量）受到限制，而且能检测的蛋白质标志物也相对较少。CITE-seq的蛋白质检测组件建立在DNA条形码抗体基础上。伴随着细胞转录组DNA条形码抗体被捕获，继而产生序列读出。

Stoeckius等人为了验证CITE-seq的力量，研究人员选用多模态数据鉴定自然杀伤（natural killer，NK）细胞亚类，仅凭转录组学通常难以区分这类细胞。CITE-seq的细胞群精细区分能力对许多临床研究应用具应用价值。“其中一个可能的方向是检测肿瘤标本内单个肿瘤细胞和浸入肿瘤的不同免疫细胞池。这种方法对肿瘤异质性深层表征和新疗法发展都非常有用，”Stoeckius说。

Stoeckius在纽约基因组中心度过了愉快的时光，“我现在意识到，如果能在一个真正全新的环境中工作才能令我感到兴奋。”对于刚起步的科学家，他提出的建议就是“实验室的工作真的很令人沮丧，与其在实验室里做了一些你不喜欢的事情，不如从事一些能让你的心真正燃烧起来的东西。”

在纽约市，Stoeckius也找到了自己的喜好，比如他在布鲁克林的仓库地下室俱乐部有了新的探索，也经常参加现场爵士乐表演。同时他也骑自行车，探索纽约的文化气息。 “每个周末看起来都不一样，”他说。

（生物通：万纹）