Oxford Nanopore推出迷你的MinIT数据分析设备

【字体: 时间:2018年10月19日 来源:生物通

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  Oxford Nanopore公司近日宣布推出纳米孔测序仪的新配件MinIT,它可以提供快速的数据分析和设备控制。公司预计,这种配件将帮助更多用户在更多地方实现高通量的实时纳米孔测序。

Oxford Nanopore公司近日宣布推出纳米孔测序仪的新配件MinIT,它可以提供快速的数据分析和设备控制。公司预计,这种配件将帮助更多用户在更多地方实现高通量的实时纳米孔测序。

MinIT配备有最先进的NVIDIA AGX系统,可以实现实时、高通量的数据分析。它预先安装了软件,方便快速设置和轻松操作MinION测序仪。这种迷你的设备可由主电源或电池组供电,因此既可以在实验室中使用,也可以在实验室外的现场使用。

就在本周,一个由11名本科生组成的研究团队将MinIT和MinION搬到白令海的一艘考察船上。他们在船上对海水进行分析,调查海洋的微生物群落。在持续数周或数月的考察期间,获得这些实时的数据将有助于科学家了解海洋的生物多样性,以及气候变化如何影响海洋中的微生物。

同时,东非的研究人员也利用MinIT和MinION来鉴定木薯中的病原体。他们在坦桑尼亚的一个小农场上铺开毯子,开展实验。他们最终鉴定出导致木薯疾病的病毒,而从样本到答案只需三小时。这为科学家和农民提供了宝贵信息,可帮助他们对抗植物病原体,并提高作物产量。

自2015年正式推出以来,单个MinION流动槽所产生的DNA序列数据量已增长了100多倍。利用最新的“Rev-D”芯片,研究人员能够在单个MinION流动槽上生成高达30 Gb的数据,相当于人类基因组的十倍。

面对如此大量的数据,研究人员当然需要强大的处理能力来实现纳米孔测序仪的实时数据分析。基于Nvidia系统的MinIT比普通的笔记本电脑快7倍,可使用平板电脑或手机进行操作。它还可以配合性能较弱的笔记本电脑或台式电脑使用。

Oxford Nanopore表示,MinIT与MinION测序仪和Flongle测序仪(供单次检测使用)兼容。这种全新组合将适用于各种研究场景,包括传染病样本的快速鉴定、癌症研究、环境分析和食品检测。

MinIT还预先配置了运行纳米孔测序实验的软件,无需配置笔记本电脑。仪器软件MinKNOW和纳米孔数据的实时分析平台EPI2ME都可以在MinIT上运行。(生物通 薄荷)

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