《Nature》最大白血病数据集

【字体: 时间:2018年10月18日 来源:生物通

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  这项研究覆盖了数百名患者样本,为侵袭性白血病治疗提供了新的可能。

  

经过五年多时间,俄勒冈健康科学大学(OHSU)的一个研究小组收集了672份患者样本,发布了针对白血病的最大癌症数据集。在《Nature》杂志上以“Functional Genomic Landscape of Acute Myeloid Leukemia”为题,报道了这项研究成果。

急性髓细胞白血病(AML)存活率很低:只有不到25%的患者可以存活5年以上。开发有效的、有针对性的AML治疗已被很多实验室/制药公司证明极具挑战性。事实上,AML不止是一种单一疾病,它有许多类型,而它的护理标准,在过去40年里基本没有变化。

OHSU骑士癌症研究所主任Brian Druker医学博士是领导这项事关科研和临床大型研究的主要负责人之一。Druker说,这项研究由白血病和淋巴瘤协会(LLS)发起,隶属于多机构合作的Beat AML倡议的一部分,骑士癌症研究所是与LLS合作寻求新疗法的全国著名的几个癌症研究所之一。

文章共同一作Jeff Tyner博士是细胞、发育和癌症生物学副教授,也是骑士癌症研究所成员,他表示,从2013年项目开始起,我们的目标是收集一个真正全面的数据集,试图了解样本的基因组测序和分子组成,以及在实验室中筛选肿瘤细胞对各种药物的不同反应资料。

拥有特定的临床信息(包括409个样本的肿瘤细胞对122种不同靶向治疗做出的反应)使这项研究与迄今为止发布的其他数据集有所不同。

“当你将临床信息与研究数据很好地结合在一起时,你可以提出更多数据问题,”他说。“比如,医生看到患有特定基因突变的AML患者,根据我们实验室的筛选信息,他就可以检索特定基因突变对某些药物的敏感性。我们相信,这个数据集将帮助广大学者和医生更容易地解决实际问题。”

海量数据

从样本中获得的大量数据很自然地引发了一个理性问题:一旦您拥有了这些所有数据,该如何以有意义的方式与科研社区共享这些数据?这项研究的另一位共同领导者Shannon McWeeney博士是OHSU医学院生物信息系和计算生物学教授,她的团队领导了该项目的数据协调、分析和建模。他们为新数据集开发了一个可视化的展示平台Vizome。

“高通量、多维数据洪水有可能压垮科学家和临床医师,使他们远离知识发现,”McWeeney说。“这就需要新一代科学计算方法和测量,管理、集成和可视化这些数据以促进正确探索。Vizome允许任何人探索这些数据,提出你的问题,并开始搜寻答案。”

这篇文章,11个学术医学中心参与,对来自562名患者的672分癌细胞样本展开细致分析,另外还有11家制药和生物技术公司提供了药物进行测试。

Druker实验室的学术主任Cristina Tognon博士是本文的共同一作,领导各方参与者的协调工作。“来自共同体的力量真的有助于推动这件事儿,”他说。“每个人都在努力,我们不可能独自做到这一点。”

“我们现在正在进行一些临床试验,还有一些刚开始策划的临床试验以检验我们的一些假设,”Tognon说。“你可以开始感觉到,AML患者有了新盼头,这种势力正在增强,希望我们的数据库能进一步推动这种势力。希望越来越多大数据信息可以应用到临床中去。”

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原文检索:Functional genomic landscape of acute myeloid leukaemia

(生物通:伍松)

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