AFA自动聚焦超声技术及其在NGS和表观遗传学中的应用

【字体: 时间:2018年11月23日 来源:基因有限公司

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  近日我们采访了美国Covaris公司表观遗传学高级产品经理Sean Gerrin,分享他对于这一领域的经验和看法。

美国Covaris公司开发的精确可控、重复性优良的自动聚焦声波技术(Adaptive Focused Acoustics®,AFA® )已令许多临床二代测序(NGS)应用实现标准化,不仅如此,Covaris在表观遗传学和蛋白质组学应用标准化方面也取得显著进展。近日我们采访了美国Covaris公司表观遗传学高级产品经理Sean Gerrin,分享他对于这一领域的经验和看法。

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问:关于Covaris,能否简单给我们介绍一下?你们在同类市场中处于什么样的位置?

Sean:Covaris提供的样品制备试剂盒,适用于一系列的基因组学,表观遗传学,蛋白质组学,代谢组学等研究。Covaris专利聚焦超声技术(AFA),可以用来处理gDNA,染色质和RNA,以便后续进行全基因组测序、外显子测序、ChIP-Seq和RNA-Seq研究。高通量测序文库制备时,结果的高度可重复性对于研究者来说非常重要。Covaris的技术可以帮助满足这一严格要求,我想这是我们受欢迎的主要原因。在全基因组测序的样本制备技术中,Covaris是市场领先者。

聚焦超声技术(AFA)除了适配二代测序(NGS),还可以用于从FFPE临床组织样本中提取核酸,染色质和蛋白。对于表观遗传学应用,仅2017年就有超过900篇文献提及Covaris,我们预计该数字2018年将会继续攀升。

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问:NGS相关市场竞争非常激烈,什么样的因素可以确保Covaris能够脱颖而出?

Sean:对于高通量应用,Covaris更具吸引力。比如二代测序(NGS)方面,Covaris是唯一可以处理96孔板样本的技术,我们有E和LE系列仪器。市面有超过50种文库制备试剂盒供选择,但是Covaris获得illumina, NuGEN, Agilent 和Twist的推荐,加入到他们的样本富集方案中,用来做ChIP-Seq, Methyl-Seq, HI-C(High-through chromosome conformation capture)和Hi-ChIP等。

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问:除了DNA打断,Covaris的聚焦超声技术还可以做其他应用么?核心竞争力是什么?

Sean: 我可以讲一讲表观遗传学方向应用。Covaris的机械裂解和打断要优于酶法。微球菌核酸酶(Micrococcal nuclease) 在Native ChIP(仅限组蛋白ChIP) 上表现良好,但是并不太适用于丰度较低的蛋白mark,比如转录因子。而不同的是,Covaris技术适用于处理低样本量 (<100K cells) ,可以用来从FFPE组织中提取处理染色质,做Native ChIP和其他实验应用,如Hi-C, Hi-ChIP, meDIP-Seq, Methyl-Seq等。

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问:Covaris的ChIP试剂盒跟市面上其他产品有何不同?

Sean:样本准备是ChIP实验流程中的第一个重要步骤。只有处理得当,研究人员才能够迅速进入到下一步。市面上确实有很多ChIP试剂盒可供选择,还有一些研究人员自己配置实验试剂。

不过当研究人员尝试将这些试剂应用于Covaris的AFA平台上时,可能会遇到问题。最大的问题就在于,这些试剂并不适配于我们的聚焦超声技术,没有经过优化。Covaris的ChIP试剂经过仪器和AFA技术优化,可以确保超声处理样本时候,蛋白(靶点表位)不会降解。

其他的试剂盒需要高浓度的SDS裂解细胞,继而后续就要求对样本进行稀释,这在处理少量样本时,就会是个问题。但如果使用Covaris的ChIP试剂盒则不存在这个问题。我们独特的多步裂解和染色质打断缓冲液方便研究人员建立适用于哺乳动物细胞的通用性实验方案,同时适配FFPE组织、超微量细胞等。

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问:能否介绍一下CryoPREP?

Sean:CryoPREP可用来低温冷冻处理组织样本,将组织有效打散,提高后续裂解效果,高效温和。低温冷冻技术以更温和的方式获得样本核酸,相比较传统的研磨法和珠打法,效果更佳。必须指出的是,样品制备中的一个关键问题是使所有的核酸都可用于测序。

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问:Covaris未来有开发新仪器和应用的计划么?

Sean:是的,未来Covaris将会推出新的仪器和应用,我们计划开发AFA Revolution,一种使用AFA技术并能结合液体自动化工作站的高通量系统。想要了解详情可联系我们marketing@genecompany.com

AFA Revolution 先睹为快

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问:中国市场对于Covaris重要性如何?对于中国市场,你们有何期待或计划?

Sean:在测序应用方面,中国是一个快速增长的市场,政府每年投入大量资金支持精准医疗转化研究。我们希望尽全力支持中国市场,提供给科研人员最好的产品,助力他们提升人类健康水平的研究。

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