全外显子组测序或许不足以检测瘤内异质性

【字体: 时间:2018年11月09日 来源:生物通

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  根据《Cell Reports》上的一项最新研究,以标准的覆盖度开展肿瘤的全外显子组测序时,人们或许很难将真实的瘤内异质性与测序噪音和技术假象区分开来。

  

根据《Cell Reports》上的一项最新研究,以标准的覆盖度开展肿瘤的全外显子组测序时,人们或许很难将真实的瘤内异质性与测序噪音和技术假象区分开来。

耶鲁大学等机构的研究人员以6名原发性乳腺癌患者为对象,对每个肿瘤的3个不同部位的活检样本进行外显子组测序,并通过技术重复来估计技术噪音。

他们的分析表明,在仅通过癌症样本测序鉴定出的体细胞突变中,大约69%被鉴定为是假阳性,反映了技术噪音或错误鉴定的生殖系变异。即使用匹配的正常样本,82%的体细胞变异被可靠检测,但其中36%-78%的变异在技术重复中不一致。

这项分析表明,在分析外显子组序列数据时,通过增加测序覆盖度和/或排除基因组的low-mappability区域,可以促进瘤内体细胞突变的准确检测。不过,该研究团队指出,更积极的过滤似乎没有增加体细胞突变检测的灵敏度。

遗传上不同但克隆上相关的癌细胞通常存在于同一患者中,这被称为瘤内遗传异质性。研究人员指出,瘤内遗传异质性是“临床环境中的一个重要考虑因素”,因为它可能对患者的预后和治疗反应产生影响。

“由于外显子组测序的成本和复杂的知情同意要求,在一些大型临床试验中,匹配的正常样本仍然存在限制,”作者指出。“在缺乏匹配的正常样本的情况下能否可靠地鉴定亚克隆突变,以及来自无关个体的混合正常样本能否作为对照,这需要评估。”

为了探索在带有或不带有匹配的正常序列数据时检测瘤内体细胞变异的可靠性,他们从四个雌激素受体阳性的乳腺癌病例和两个三阴乳腺癌病例中分别采集了3个部位的样本,利用NimbleGen SeqCap试剂盒捕获了外显子组部分,并利用Illumina HiSeq 2000系统进行测序,平均深度为184倍。

研究人员利用三种独立的分析管道来鉴定潜在的体细胞变异和小的插入缺失,之后又利用扩增子测序来跟踪每个肿瘤内明显的突变差异。通过验证步骤、技术重复和匹配正常样本的序列数据,他们评估了通过这些方法找到真正的瘤内遗传变异的可能性。

作者得出结论,“以标准测序深度开展的全外显子组测序可能不足以检测瘤内的遗传异质性,特别是当肿瘤细胞的含量低于50%时,因为仅62%的体细胞突变可重复检测,其余突变在技术重复中表现为不一致。”(生物通 薄荷)

原文检索

Reliability of Whole-Exome Sequencing for Assessing Intratumor Genetic Heterogeneity
Cell Reports | DOI: https://doi.org/10.1016/j.celrep.2018.10.046

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