如何实现单细胞ATAC-seq测序?Sanger研究所提出强大新工具

【字体: 时间:2018年12月18日 来源:生物通

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  一种用于单细胞分析的新型快速且稳健的方法。

  

生物通报道:时至今日,我们体内许多细胞类型的工作方式,科学家们依然不清楚,比如对于保护机体不会患上严重疾病的免疫细胞。

DNA染色质的内部组织影响了每个细胞的功能,包括基因表达、DNA复制和DNA修复在内的一些基本的细胞过程。很久以前,人们就注意到易接近的染色质标记了一些调控序列,如启动子、增强子、绝缘子和位点控制区域。这些元件与细胞类型特异性的转录因子互作,执行了一些指导细胞命运决定和发育的转录程序。

但是要了解“染色质可接近性”并不容易,ATAC-seq可以通过使用高通量测序对染色质可接近性核染色质区域进行分析,然而由于技术问题,在单细胞水平(scATAC-seq)进行的研究很少。

来自Sanger研究院的一组研究人员提出了一种简单而强大的scATACseq新方法,可以观测器官和组织内的微小单细胞。

这一研究成果公布在Nature Communications杂志上,由Sanger研究院发Kedar Nath Natarajan和Xi Chen领导完成。

这种新方法经证明,可以分析来自脾脏的3000多个细胞,这是各种免疫细胞聚集之处,这些细胞能对抗病原菌感染,而且也能提供日常免疫力和反应。

此前,华盛顿大学的科学家们利用ATAC-seq技术检测出了85种特异性染色质的可及性状态,作者指出,“以前的基于基因组的研究方法大多只研究了由许多细胞类型组成的组织和样本,然而,不同细胞类型导致的平均值是可以掩盖单细胞类型变化的,单细胞水平的细胞基因组研究大部分都是有关细胞中某些基因的表达是开启还是关闭的,而有关基因被激活、调高调低或沉默的原因却知之甚少。”

最新研究提出了一种强大,可扩展且更便宜的替代现有技术的方法,他们将Tn5标记与单核分选相结合,证明了这一方法在各种系统中都能正常运行,包括来自原发组织的新鲜和冷冻保存的细胞。研究人员通过分析超过3,000个脾细胞,结果识别了不同的免疫细胞类型,揭示细胞类型特异性调节区域和相关转录因子。

(生物通:万纹)

原文标题:

A rapid and robust method for single cell chromatin accessibility profiling







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