《Nature Methods》更便宜、更全面的单细胞RNA测序技术

【字体: 时间:2018年12月24日 来源:生物通

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  微流控技术革新促进了单细胞RNA测序发展,它为单细胞基因组学提供了一种低成本、高通量的方法。然而,这种方法捕获完整RNA转录信息的能力有限。

  

(图片来源:Cornell)

康奈尔大学生物医学工程学院助理教授Iwijn De Vlaminck课题组开发了一款更健全的、低成本的方法解决了这个问题,不仅推动了单细胞基因组学发展,而且为感染和免疫生物学研究提供了一条新途径。

这篇题为“Simultaneous Multiplexed Amplicon Sequencing and Transcriptome Profiling in Single Cells”的文章最近发表在Nature Methods杂志,De Vlaminck实验室的博后研究员Mridusmita Saikia和博士生Philip Burnham是这篇文章的主要作者。

2015年,来自哈佛大学和麻省理工学院的研究人员开发了Drop-seq,一种使用纳米级液滴,并向每个细胞的RNA附加唯一的识别符号,同时且有效表征数千细胞特性的方法,而且非常便宜,对许多实验室来说可以很容易实现。

“现在这项技术非常流行,因为它降低了这类分析的成本,”De Vlaminck说。然而,缺点是它们只能识别某种信使RNA(mRNA),限制了其他潜在分析范围。

De Vlaminck等人提出了一个简单、廉价的改进方法,他们将其命名为:液滴辅助RNA靶向单细胞测序 (droplet-assisted RNA targeting by single-cell sequencing,DART-seq)。

Drop-seq将每个细胞封装在启动细胞mRNA逆转录的标记微粒中,DART-seq的改进之处在于,在Drop-seq常规分析之前,采用酶法定制空心珠,从而回收和分析更多种类分子。

此外,该技术能够区分病毒感染细胞,并定量病毒和宿主基因表达,从而能够轻而易举地在单细胞水平上检查宿主对病毒感染的反应。

“单株病毒极具多样性,正因如此,它们可以做许多不一般的事,”Burnham说。“如果你能缩小到单细胞水平,你就可以看到病毒微小变化是如何导致细胞应答的巨大差异。”

Saikia认为DART-seq对癌症治疗可以提供许多有益信息。“癌细胞是非常异质性的,”她说。“如果你不从单细胞水平观察它们,你就会错过重要信息,所以我们才需要有更锋利的工具。”

深入了解单细胞链特异性RNA-seq分析的更多内容

原文检索:Simultaneous multiplexed amplicon sequencing and transcriptome profiling in single cells

(生物通:伍松)

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