达人必看:怎样实现更准确的microRNA分析?

【字体: 时间:2018年12月10日 来源:Takara

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  最近Takara推出的SMARTer® microRNA-Seq Kit,采用特别的MAGIC(Mono-Adapter liGation and Intramolecular Circularization)技术,可以更加准确,更加灵敏地分析microRNA!

自microRNA发现以来,就一直是生物学研究的热门领域。虽然它的结构简单,却可以准确有效的调控较多的生物进程。

现阶段,对于microRNA表达的定量可以通过多种技术实现,而下一代测序(NGS)就是其中一种重要的方法。通过对体液、FFPE组织等样本中提取的microRNA,进行测序分析,研究人员可以发现和筛选与疾病等相关microRNA。然而,大部分的microRNA文库制备方法都是双端接头连接法。不仅操作繁琐,而且很可能会产生较大的偏倚。

最近Takara推出的SMARTer® microRNA-Seq Kit,采用特别的MAGIC(Mono-Adapter liGation and Intramolecular Circularization)技术,可以更加准确,更加灵敏地分析microRNA!能够以100 ng-1 μg的总RNA或2-200 ng富集的小RNA样品起始,在6小时内实现高重现性,高准确性和高灵敏度捕获小RNA和miRNA,并确保研究结果的一致性和可靠性!

不一样的操作流程

对100 ng-1 μg的总RNA或2-200 ng富集的小RNA样品,利用SMARTer® microRNA-Seq Kit制备microRNA测序文库。首先将含有5'-磷酸基团和3'-羟基的miRNA分子连接到腺苷酸化的接头上,该接头在3'末端被磷酸基团封闭,然后将连接的分子进行去磷酸化。并且在进行下一步环化之前封闭末端,防止接头二聚体的产生。之后进行环化反应,环化后连接的miRNA分子反转录,最后使用含有Illumina index引物进行扩增,获得测序文库。

正是由于特殊的MAGIC技术,仅需进行单端接头连接,以及进行分子内环化操作,不仅很好的避免接头二聚体的产生,而且实现了高准确、低偏差的捕获微小RNA。


(图片来源于Takara Bio Inc.)

更准确地分析microRNA的表达

取由963种合成miRNA等摩尔混合后制成的miRNA Pool,分别使用本试剂以及其他4家公司的同类产品(接头连接法)制备文库,然后进行测序分析。

Panel A 比较这几种文库miRNA的表达量。使用本kit制备的文库比其他4种基于接头连接法的同类产品更准确。

Panel B与其他4种基于接头连接法的同类产品相比,使用本kit制备的文库获得的基因检测数更多。

获得高再现性的数据

以1 μg或100 ng人的total RNA起始,使用本试剂盒制备文库,然后进行NGS测序分析。分别对每个文库的miRNA表达量进行定量后,进行再现性分析。

Panel A 对同一样本两个重复样的miRNA表达水平的重复性进行解析,结果显示再现性非常高!

Panel B 对同一样本不同起始量的miRNA表达水平的一致性进行解析,结果显示一致性非常高!

(以上数据均来源于Takara Bio Inc.)

所以,如果您想更准确地分析microRNA,SMARTer® microRNA-Seq Kit是一个非常不错的选择!

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