《Cell》新方式搜寻RNA-蛋白质网络

【字体: 时间:2018年12月10日 来源:

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  细胞中所有RNA分子都需要与蛋白质结为伙伴关系。德国癌症研究中心(DKFZ)的科学家和来自欧洲分子生物学实验室(EMBL)的同事研发了一种新方法,来分析细胞内完整RNA-蛋白质网络组成,这种新方法已发表在《Cell》杂志。

  

RNA分子有许多关键作用:信使RNA(mRNA)帮助储存在DNA中的遗传信息翻译成蛋白质,人类细胞中mRNA约占RNA总数的5%;其他RNA分子不会被翻译成蛋白质,很多必须与蛋白质相互作用,不同类型的RNA与特定蛋白质形成高度复杂的分子机器,比如核糖体。

“RNA和蛋白质相互作用形成一个巨大的网络,但我们对这个网络的确切组成还知之甚少,我们想要了解哪些蛋白质与RNA结合,不同细胞类型或应激条件,这个网络的表现有何不同,现在,我们已经有了一种方法,使我们能够首次研究这些问题,”DKFZ的Jeroen Krijgsveld说。

目前为止,针对蛋白质RNA相互作用的方法只能分析mRNAs,其他非编码RNA(包括近两年新发现的很多品种)与蛋白质的相互作用无法利用现有方法检测。然而,非编码RNAs的数量远超mRNAs,它们的用途也相当广泛。

这种分析所有类型RNA与细胞蛋白质相互作用的新工具名为XRNAX,利用它,科学家鉴定了数百种以前不知道的RNA结合蛋白,而且不仅能看到什么蛋白与RNA结合,还能看到它们的结合程度。文章还描述了当细胞暴露于毒素时的RNA结合变化。

“利用XRNAX,我们能够测量蛋白质与RNA之间的所有相互作用,这是以前没人能够测量的,”新方法的研发者Jakob Trendel说。“蛋白质-RNA相互作用疑似与多种疾病有关,包括癌症、肌萎缩性侧索硬化症以及HIV等病毒感染。现在我们有方法好好观察它们了。”

Magna Nuclear RIP™Kit — 非编码RNA(lncRNA、enhancer RNA 、miRNA等)与蛋白相互作用创新技术

原文检索:The Human RNA-Binding Proteome and Its Dynamics during Translational Arrest

(生物通:伍松)

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