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研究microRNA,你需要知道这件事

时隔4年的大更新

【字体: www.ebiotrade.com 时间:2018年03月30日 来源:联川生物

摘要:

  时隔4年,终于等来了权威microRNA数据库miRBase (http://www.mirbase.org/)的大规模更新——升级至22.0版。

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时隔4年,终于等来了权威microRNA数据库miRBase(http://www.mirbase.org/)的大规模更新——升级至22.0版。最新版数据库发生了如下更新:

✿miRNA序列新增超过30%,成熟体miRNA总数达到49184条
✿数据库新报道48个物种的miRNA
✿新增miRNA序列主要来自新收录的物种
✿对收录和管理测序数据集的方法进行了优化
✿对大量的序列进行了修正(序列更名、修改、删除等),再次提升序列真实性

联川与miRBase有很深的渊源,我们王牌产品miRNA芯片的探针序列完全基于miRBase;研究人员使用联川的测序技术鉴定到非常多的新的miRNA,既有对miRBase已收录物种miRNA的补充和完善,又有许多物种的miRNA是首次收录进数据库,如Capra hircus(山羊)1,Plutella xylostella(小菜蛾)2等。

1. Wu J, Zhu H, Song W, Li M, Liu C, Li N, Tang F, Mu H, Liao M, Li X. (2014) Identification of Conservative MicroRNAs in Saanen Dairy Goat Testis Through Deep Sequencing. Reproduction in Domestic Animals. 49(1):32-40
2. Liang P, Feng B, Zhou X, Gao X (2013) Identification and Developmental Profiling of microRNAs in Diamondback Moth, Plutella xylostella (L.). PLoS ONE 8(11), e78787.

我们再来选取医学、农学研究中9个常见的模式物种,来看看它们的成熟体miRNA在22.0和21.0版miRBase中的数量变化(见表1)。对于医学实验最关心的人、小鼠和大鼠,新增miRNA数量最多的是人,新增106条,其次是小鼠,新增99条,大鼠这次仅新增4条。由于这三个物种报道的miRNA数量较多,新增数量占已报道数量的比例最高不超过5%。在植物研究中常见的拟南芥、水稻、玉米,它们仨的miRNA增幅也不大,新增最多的水稻只增加了44条,约占报道数量的6%。再看猪、牛、羊三种常见动物模型,除牛miRNA有大幅度增加,新增近四分之一外(新增252条),猪新增50条,由于猪miRNA总量少,新增比例超过10%,而羊(Ovis aries)此次没有新增miRNA。

表1 常见模式物种成熟体miRNA数量比较


本次数据库更新是耗时4年的大规模更新,全面收集了各种研究报道的miRNA序列,特别是测序发现的miRNA。而模式物种新增miRNA不多,是否表示模式物种的miRNA已接近全部发现了呢。再通过测序鉴定出模式物种中新的miRNA的可能性是否已很小了呢。

22.0版miRNA芯片已为你准备好 
 

熟悉联川的小伙伴都知道,联川的miRNA芯片非常厉害,为什么呢?

✿联川制造出全球第一款microRNA芯片(2004年)
✿基于自主专利的μParaflo®微流体原位合成芯片技术
✿第一篇联川芯片客户CNS文章发表于2006年(Science 2006. 313(5785), 320-324.)
✿迄今联川芯片客户发表CNS系列文章30余篇,全球超过800篇miRNA研究论文使用了联川miRNA芯片实验数据,超过80%来自医学研究

表2 不同microRNA芯片平台比较


联川一直保持着一个世界纪录,

始终是全球第一家为研究人员提供最新版miRBase探针的miRNA芯片检测服务商,

是的,现在起联川开始为大家提供最新22.0版miRNA芯片检测啦!

重点来了!!!

现在预约,将免费升级至最新22.0版miRNA芯片检测!

不仅是人、小鼠、大鼠,miRBase报道的任一物种均可免费升级至最新22.0版哦!

预约活动至2018年5月31日止。

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