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换个思路,高通量提取核酸[新品推荐]

【字体: www.ebiotrade.com 时间:2018年03月12日 来源:生物通

摘要:

  如今,随着克隆和测序等各项技术的进步,核酸纯化的规模越来越小,但样品却越来越多。市场上虽有多种All-in-One的试剂盒可供选择,但在方便的同时,也增加了成本。如果样品量大,这笔账还是需要算一算的。其实,我们不妨换个思路。

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核酸纯化,几乎是每个实验室都离不开的工作。如今,随着克隆和测序等各项技术的进步,核酸纯化的规模越来越小,但样品却越来越多。市场上虽有多种All-in-One的试剂盒可供选择,但在方便的同时,也增加了成本。如果样品量大,这笔账还是需要算一算的。其实,我们不妨换个思路。

质粒DNA提取

以质粒DNA为例,利用硅胶柱来提取是常规的思路。不过,在迈向高通量的进程中,这种方式遇到了一点小问题,不容易自动化。你想,现在连汽车都无人驾驶了,还要劳驾我们的科学家去手动处理96个样品?其实,利用多功能的滤板,人们已经开发出简化的质粒提取方案,可实现半自动和全自动的操作。

也许你没有想过,当提取通量大大上升之后,过去的那些经验已经不适用了。比如,在去除细胞碎片时,离心曾经是首选方法。然而,当样品从1个变为100个,离心法会引发许多问题。首先,在多孔板中沉淀细胞碎片和回收上清十分困难。其次,离心时间长,需要特殊的离心机或转子。不过,最严重的问题是絮状沉淀可能抓住了大量的质粒DNA。

这时,利用真空过滤对裂解液进行澄清,是一种更加快速而高效的选择。Pall公司的AcroPrep Advance裂解液澄清滤板的孔径较大,能够对含有大微粒的样品进行一致的过滤,并防止堵塞。此外,滤板采用新型的几何结构,滞留量更少,过滤速度更快。它可以实现DNA的完全回收,而不用担心样本损失。一旦澄清,样品可立即用于质粒纯化。

在裂解细胞后,下一步就是DNA结合了。基于硅胶的介质和玻璃纤维膜已成为标配。离液盐促进了DNA与介质相结合,方便后续的杂质洗涤,以及用中性溶液洗脱DNA。此时,可以选择带有硅胶介质的滤板,通过真空过滤或离心轻松处理多个样品,产生所需量的质粒DNA。

目前市场上有许多种玻璃纤维过滤板,但它们的表现不尽相同。对于研究人员而言,DNA产量当然是越高越好,特别是在处理珍贵样品时。用于DNA提纯的AcroPrep Advance滤板,就是为了DNA结合而优化的。它具有强吸附能力,与同类产品相比,至少能多结合50%的DNA。

从1 mL(Pall和竞争公司M)或1.5 mL(竞争公司W)隔夜培养的DH5α开始,使用指定的DNA提纯滤板,并测定pCAT质粒的产量(OD260)。提纯过程按照滤板厂商的标准操作。误差线表明标准误差(n ≥ 6)。

AcroPrep Advance滤板不仅产量高,而且质量好。实验证明,纯化所得的质粒DNA的OD260/280比值达到1.97,适合测序和克隆等苛刻的下游应用。此外,这种滤板还采用新型的出口尖端几何结构,让样品直接流到接受盘,而无需担心交叉污染。

至于质粒DNA的洗脱,你可以选择真空过滤或离心的方式。根据实验数据,离心后的浓度和体积都略高于真空过滤。不过,如果你希望将质粒DNA提取的整个过程自动化,可以选择真空操作,将一切都交给带有真空过滤的液体处理系统。

基因组提取

对于血站和医院来说,处理大量血液样本更是家常便饭。血液作为临床多种疾病检测的理想标本,其基因组DNA提取对癌症、炎症、传染病等检测有着十分重要的影响。传统的提取方法费时费力,而且效果不大稳定,而商业化试剂盒虽然效果好,但费用也高。

这时,不妨换个思路,试试单独的DNA结合滤板,再加上各个公司的缓冲液。据Pall公司的科学家介绍,与完整的试剂盒相比,这种方案能够节省50%的费用,同时也为提取过程增添了灵活性。你可以根据特定的需求来选择特定的产品。

Pall的科学家曾借助Eppendorf的epMotion液体处理系统,利用AcroPrep Advance DNA结合滤板和QIAGEN的缓冲液从全血中提取gDNA,以确定这种方法的重复性和一致性。结果表明,六块Pall滤板的DNA回收率在71-86%,说明纯化过程的重复性良好。DNA纯度也相当高,六块滤板的OD260/280比值在1.73-1.83。

这些结果表明,AcroPrep Advance DNA结合滤板可与商业化的缓冲液结合使用,带来优质而轻松的基因组DNA提取。与商业化的试剂盒相比,这种方法可大大节省实验的成本,同时又不牺牲DNA的产量、纯度或质量。

总之,在面临大量的样品时,我们除了手动处理累得要命,试剂盒处理贵得要命之外,还有第三种选择,使用AcroPrep Advance滤板轻松、高效且经济地提取核酸,将我们从繁重的实验中解放出来。实验都自动化了,诗和远方还远吗?(生物通 余亮)

欢迎索取AcroPrep Advance滤板的选择指南和应用手册

参考文献:

Application Note: Streamlined Purification of Plasmid DNA From Prokaryotic Cultures

Application Note: Genomic DNA Isolation From Whole Blood Using AcroPrep™ Advance 96-Well DNA Binding Plates on an Automated Liquid-Handling Robot

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