超灵敏RNA二级结构预测工具和史上最强数据库

【字体: 时间:2018年05月22日 来源:

编辑推荐:

  俄勒冈州立大学的研究人员开发了一款新电脑程序,它打通了遗传突变关联疾病的重要环节。这篇发表在《Nucleic Acids Research》的文章利用新开发的RNA结构分析软件构建了迄今为止最大且最详细的RNA二级结构数据库。

  

RNA与DNA指挥生命体生产所需蛋白,DNA包含遗传信息,RNA将信息的编码指令传递给细胞内的蛋白质制造点。

DNA主要是完全碱基配对的双螺旋结构,相对DNA二级结构,RNA序列形成的结构更复杂。RNA互补碱基对形成的保守二级结构有时甚至比序列本身重要。RNA二级结构类型包括单链RNA、配对的双链RNA螺旋、茎环或发卡、内饰环、突环和接触或多环等。现有的RNA二级结构预测工具不能准确地发现和描述假结(pseudoknot)、相吻发卡(kissing hairpin)和发卡-突环接触(hairpin)等结构。


这款名为“bpRNA”的软件是一款强大的RNA二级结构的大数据注释工具。“它能解析RNA结构,包括复杂的假节。所以你最终将得到一个客观的、精确的、容易理解的,以及包括所有茎、环和假结信息的描述,”通讯作者David Hendrix说。“你还可以得到每个结构的定位、序列和侧翼碱基对。它将方便我们大规模地研究RNA结构。”

一些RNA分子不编码蛋白,它们被称为非编码RNAs(ncRNAs)。“大量例子证明ncRNAs突变与很多疾病有关,突变可能影响了RNA的结构。为了统计突变与疾病的关联原因,我们必须自动化地解析RNA结构,”理学院生物物理学和生物化学助理教授Hendrix说。“RNA也是生命中最基本、最基础的分子之一,我们有必要了解RNAs的结构,以便理解它们的功能。”

“公平的说,我们创建的是一个元数据库(meta-database),特殊的是这个工具能注释一切,”也是工学院助理教授的Hendrix说。“我们提供了一个色彩编码地图,这些注释让我们能够识别可能对RNA结构形成起作用的统计趋势,为机器学习算法开启了一扇大门,在未来,所有结构特征都将以自动化的方式被呈现。”

如今,研究人员已经用超过10万种结构成功地测试这款工具,其中许多结构都非常复杂,包含众多的令人难以分辨的假结。

“每天都有新RNA被发现,研究者们正在理解RNA和其功能方面大踏步前进,”Hendrix说。“我们开始认识到,除了信使RNA之外,基因组中还存在非编码RNA,它们也是重要的生物分子,对人类健康和疾病具有重大影响。”

Magna Nuclear RIP™Kit — 非编码RNA(lncRNA、enhancer RNA 、miRNA等)与蛋白相互作用创新技术

原文检索:bpRNA: large-scale automated annotation and analysis of RNA secondary structure

(生物通:伍松)

 

相关新闻
生物通微信公众号
微信
新浪微博
  • 搜索
  • 国际
  • 国内
  • 人物
  • 产业
  • 热点
  • 科普
  • 急聘职位
  • 高薪职位

知名企业招聘

热点排行

    今日动态 | 人才市场 | 新技术专栏 | 中国科学人 | 云展台 | BioHot | 云讲堂直播 | 会展中心 | 特价专栏 | 技术快讯 | 免费试用

    版权所有 生物通

    Copyright© eBiotrade.com, All Rights Reserved

    联系信箱:

    粤ICP备09063491号