最新发现:一种用于分析转座子的新方法

【字体: 时间:2018年06月22日 来源:生物通

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  转座子这些所谓的“跳跃基因”如果插入健康的基因,就可能会引发疾病。不过迄今为止,人们还不清楚转座子的跳跃是由何种原因引起的。

  

生物通报道:转座子这些所谓的“跳跃基因”如果插入健康的基因,就可能会引发疾病。不过迄今为止,人们还不清楚转座子的跳跃是由何种原因引起的。

维也纳兽医大学的一组研究人员提出了一种新的方法来分析转座子跳跃,这一研究成果公布在Molecular Biology and Evolution杂志上。

转座子以一种比“正常”基因更自由的方式,诠释了基因组的灵活性。它们在基因组中复制,并选择它们自己的位置。转座子可以跳跃到一个基因中,并使其不起作用。因此,它们是不同生物发展的一个重要判别标记。

然而,目前还不清楚的是,跳跃基因是如何发展的,是什么影响着它们的活性。一般来说,转座子是通过DNA测序而被检测到的。但是这种检测不能在一个群体的每一个成员上进行。唯一的和更便宜的选择是,在一次反应中分析一整个群体。

为此研究人员研发了一种叫做Pool-Seq的方法,这种方法也经常用于检测转座子。然而,在这种情况下,现有的分析方案,不能提供一个精确的结果。到目前为止,由于不同的因素——例如测序深度和配对读取之间的距离,每一种分析都有偏见。

同时研究人员开发了新的软件PoPoolationTE2。如果我们对整个种群进行测序,每个反应会提供一个不同的结果。混合的个体数量都是一样的,但单个个体有所不同。此外,在样品处理中的技术差异,影响到目前为止的分析。PoPoolationTE2不受这些因素的影响。因此,关于转座子活性的问题,通过Pool-Seq反应可以得到解答。

每个果蝇种群繁殖一百代,研究人员将它们暴露于不同的刺激物。然后对每十代果蝇后代进行测序,并确定一种刺激物是否影响了转座子活性。因此,就可以快速描述转座子的活性。

科学家假设,如果丰度低,转座子仅仅开始越来越频繁。如果一个转座子在一个特定的种群中快速复制,这就是所谓的入侵。如果一个跳跃基因在一整个种群中被检测到,而不是在另一个种群,它就可能被积极地选择。

(生物通)

原文标题:

PoPoolationTE2: Comparative Population Genomics of Transposable Elements Using Pool-Seq, Molecular Biology and Evolution




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