仅需10万个细胞!安诺基因强势推出低起始量Hi-C建库

【字体: 时间:2019年01月11日 来源:安诺基因

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  正如生物学者常言:结构与功能相适应。基因的缺失、易位、DNA拷贝的获得和丢失都会引发染色体结构的混乱,因此,弄明白染色体构象特征才有望揭开基因功能的真正面纱。

  

基因作为遗传信息的载体,其表达调控与染色体结构密切相关,随着基因组学的研究从过去获得核酸的序列,到如今对序列功能的描绘,越来越多的研究开始关注染色质的空间结构。正如生物学者常言:结构与功能相适应。基因的缺失、易位、DNA拷贝的获得和丢失都会引发染色体结构的混乱,因此,弄明白染色体构象特征才有望揭开基因功能的真正面纱。于是,作为三维基因基因组学研究的利器—Hi-C技术,义不容辞的担起染色体构象分析的大旗。

然而,长期以来,“高昂”的Hi-C建库起始量限制了众多科研工作者对未知领域的探索,近千万个级别的细胞才能满足一个Hi-C文库的构建,极大限制了诸如生殖研究领域、肿瘤研究领域等,这些微量样本的染色质构象解析。长期以来,降低Hi-C建库起始量,一直是三维基因组学研究者攻关的难题。近期,作为三维基因组测序技术的引领者,安诺基因成功推出了10万个细胞水平的Hi-C建库,率先实现了低起始量Hi-C建库的产业化服务,让Hi-C技术应用到更多的研究领域。

安诺基因表示,10万个细胞的产业化Hi-C建库,是微量细胞Hi-C建库研发计划中的关键性进展,但这远不是的终点,持续降低Hi-C建库起始量的研发仍在继续。我们也将拭目以待。


样本要求

样本类型:细胞(人、鼠或其他物种)
建库起始量:10万个交联细胞样本/文库(约3ug DNA)
测序平台:Illumina Hiseq X TEN,PE150
实测小数据结果
对10余例人和小鼠的细胞样本进行了多轮测试,小数据评估结果显示,最终可用于分析的Valid Rate(%)均在60%以上,最高可达83%。

(1)部分人细胞样本结果展示
 image002.gif
(2)部分小鼠细胞样本结果展示
 image004.jpg

实测大数据结果


随机测试了2个人细胞样本的大数据,对大数据上机后的有效比对率和有效数据率分别进行统计,均满足分析需求,结果如下:

(1)有效比对率统计
 image006.jpg

(2)有效数据率统计
 image008.jpg

交互热图结果展示


对小数据结果进行交互热图分析,如下图所示,展示了genome-wide Hi-C交互热图。

image010.jpg

安诺基因
安诺基因作为业内三维基因组测序技术的服务供应商,自2015年初,首次在国内推出动物群体Hi-C和单细胞Hi-C测序服务,随后将人类染色体三维构象解析的分辨率提升至1kb水平,同年12月在国内首次推出植物Hi-C测序服务。四年来,安诺Hi-C技术不断发展,众多研究者利用安诺Hi-C技术取得了丰硕的成果。作为国内三维基因组测序技术的服务提供商,安诺基因与法国居里研究所、中国农业大学、中科院动物所、西南大学、南京医科大学等多家科研院所深度合作,相关研究成果已发表在Nature、Molecular Plant、Nature communications、Genome Biology等国际高水平期刊,累计IF 97.19,平均IF 12.15。

 

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