Science:纳米孔测序揭示拉沙热疫情源头

【字体: 时间:2019年01月07日 来源:生物通

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  来自德国、尼日利亚和英国等地的研究人员利用MinION纳米孔测序仪对拉沙病毒(LASV)进行测序,以分析此次尼日利亚的拉沙热疫情。他们在最新一期的《Science》杂志上发表了研究结果。

  

拉沙热(Lassa fever)是一种急性的病毒性出血热疾病,在西非国家流行。2018年,尼日利亚的沙拉热疫情已达该国史上最严重水平。截至11月25日,尼日利亚共报告3142例拉沙热疑似病例,其中568例确诊,161例死亡。

为此,来自德国、尼日利亚和英国等地的研究人员利用MinION纳米孔测序仪对拉沙病毒(LASV)进行测序,以分析此次尼日利亚的拉沙热疫情。他们在最新一期的《Science》杂志上发表了研究结果。

通讯作者、德国本哈德诺赫特热带医学研究所的Stephan Gunther表示:“我们发现,利用MinION对遗传多样性的RNA病毒进行宏基因组测序,而不需要将样本运往其他国家,也不需要开展病原体特异性的富集,是一种可行的方法,能够在现场实时鉴定可能爆发的疫情。”

研究人员通过随机逆转录和非序列依赖性单引物扩增法(SISPA)来制备样本,并利用Oxford Nanopore的MinION测序仪在尼日利亚开展宏基因组RNA测序。他们鉴定了2018年疫情中的36个LASV基因组。

在此次试验分析后,研究人员又收集了120个尼日利亚的LASV样本,并利用Illumina测序仪对部分样本进行重测序,以验证先前的宏基因组方法。

研究结果显示,没有强有力的证据表明新型的病毒株出现,也没有人与人之间的传播。相反,啮齿类动物的污染是主要传染源。拉沙病毒经由啮齿类动物尿液或粪便污染的食品或家庭用品而传播给人。

“从第一批基因组序列中得出的结论立即缓解了对人与人之间传播的担忧,并让公共卫生资源得到适当的分配,”作者写道。他们认为今后的重点是加强对啮齿类动物的控制、环境卫生和食品储存。

这项结果与另一个研究小组在《新英格兰医学杂志》上发表的结果一致,后者由Broad研究所的研究人员领导。他们从尼日利亚、塞拉利昂、利比里亚和科特迪瓦等地采集了LASV分离株,利用Illumina测序仪开展测序,并对数百个LASV基因组进行系统发育分析。

波士顿大学的传染病研究人员Nahid Bhadelia在同期的《Science》杂志上发表文章称,这两项研究为拉沙病毒在尼日利亚的传播提供了“重要的流行病学线索”。

不过,Bhadelia表示,“世界上相当一部分人只能根据常见传染病的症状进行治疗”,并认为“新兴微生物检验技术的真正考验是它们是否准确经济并且可广泛使用,以及它们是否能够同时检测常见的传染病和罕见的病原体,如病毒性出血热”。(生物通 薄荷)

原文检索

Metagenomic sequencing at the epicenter of the Nigeria 2018 Lassa fever outbreak

Science  04 Jan 2019: Vol. 363, Issue 6422, pp. 74-77
DOI: 10.1126/science.aau9343

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