三代测序核酸抽提的新宠

　　

2019年度生命科学行业奖（2019 Life Science Industry Award，LSIA）上，PacBio Sequel II测序平台荣获基因组学产品*具创新性产品金奖。Sequel II 试剂近期也是更新至2.0版本，平均读长提高了50％，HiFi文库的插入片段长度提升至15-20kb，从而更好的支持基因组从头组装。但是对于好多的测序者来说，如何得到顺应三代长读长测序的核酸？

很多三代测序核酸抽提者不得不依赖于酚:氯仿提取法、盐析法或者通过使用各种硅胶膜试剂盒和磁珠法试剂来进行DNA提取。

盐析法在提供高分子量DNA的同时，存在几个重要的问题。*重要的问题是纯度。由于缺乏柱膜纯化，提取出来的DNA往往有大量的污染物和抑制剂组份。此外，盐析法往往需要根据样品材料类型进行方法调整。因此，这些试剂盒通常具有有限的性能规格，需要进行广泛的升级，或者需要不同类型的试剂盒处理不同的样本。除了这些不方便之外，盐析过程往往是冗长和耗时的。

酚:氯仿萃取物含有有毒试剂，需要特殊的废物处理。

使用硅胶膜和基于磁珠的纯化方法也存在问题，*重要的问题是DNA的完整性。离心力(硅胶膜提取方法)和频繁的吸液和混合(磁珠法)对DNA产生显著的剪切作用。因此，硅胶膜和磁珠纯化的DNA很少超过30 kbp，并且含有单链缺口，降低了HMW应用。

NucleoBond® HMW DNA kit集万千宠爱于一身。

NucleoBond® HMW DNA kit采用了阴离子交换色谱技术，对核酸下游应用有抑制作用的组分均被清除，核酸纯度较高。裂解液重力过柱，无需离心，减少了离心力对核酸的破碎作用，尽量保证核酸原生态，*长片段可达200kbp。相比以往的核酸抽提产品，这款产品几乎通吃所有的样本类型，并且允许更大的上样量，比如300mg微生物样本（革兰氏阴性阳性菌、酵母）、1.5g植物组织、300mg动物组织、2ml血液、107细胞等。该试剂盒提取出来的核酸，顺其自然的满足长读长测序技术（如SMRT）和long range short read测序方法（如Linked-Reads数据的10X Genomics）。因此，这款试剂盒成了基因组测序、基因组组装和基因簇克隆的*佳选择。

对于较难提取的样本，这款试剂盒兼容NucleoSpin® Bead Tubes，进行样本的更充分匀浆；还兼容裂解前各种商业化酶。DNA 完整性要求高的时候，您可以使用异丙醇沉淀DNA的方法提取；您也可以使用NucleoSnap® Finishers 或 NucleoSpin® Finishers让DNA更快的脱盐和浓缩。

整个试剂盒的使用也非常简单：

应用数据：

大片段DNA

DNA来自研磨方法匀浆的植物样本 Brassica sp.，使用NucleoBond® HMW DNA kit进行核酸纯化。提取后的DNA在 Femto Pulse 系统上面分析。如图所示，在117218 bp检测到主峰，*长片段可达200000 bp。

高质量核酸测序结果

利用NucleoBond® HMW DNA试剂盒提取得到的Brassica sp.DNA， 在MinION® device (Oxford Nanopore)测序。50Kbp以上的reads高达1600，有些reads甚至超过了100kbp。

更长的subread、更好的测序结果

通过酶裂解的方式从HeLa细胞中纯化DNA，然后在PacBio RS II上进行Single Molecule Real Time (SMRT)测序分析。使用NucleoBond® HMW DNA (MN)提取的核酸和使用Q品牌 (kit P 和 kit M)试剂盒提取的核酸相比。

适用不同的样本类型并且得率和纯度较高

除了核酸的完整性，纯度和得率对于HMW DNA测序的影响也非常大。NucleoBond® HMW DNA 试剂盒提取不同的样本，得率对于测序试验已足够， 吸光度比值A260/A280 > 1.75 和A260/A230 > 2.00，表明样本纯度也很高。

欢迎索取NucleoBond HMW DNA kit的详细资料