Sci Rep:动物寿命有多长,通过甲基化轻松预测

【字体: 时间:2019年12月16日 来源:生物通

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  之前的研究表明,衰老与表观遗传变化相关,包括DNA甲基化。最近,澳大利亚的一组研究人员就试图通过表观遗传模式来预测物种的寿命。

  

“少小离家老大回,乡音无改鬓毛衰。”衰老是几乎所有动物都存在的现象。它涉及到多种生物功能的下降,并限制了物种的最大寿命。之前的研究表明,衰老与表观遗传变化相关,包括DNA甲基化。最近,澳大利亚的一组研究人员就试图通过表观遗传模式来预测物种的寿命。

研究人员研究了250多种寿命已知的脊椎动物的启动子CpG密度,以建立预测模型。他们在《Scientific Reports》杂志上报告称,42个启动子的CpG密度可准确预测脊椎动物的寿命。他们表示,利用这种模型可预测已灭绝物种以及难以测量的现存物种的寿命。

澳大利亚联邦科学与工业研究组织的Simon Jarman及其同事在论文中写道:“在这项研究中,我们证明了CpG密度与五类最丰富的脊椎动物的寿命密切相关。我们的结果还帮助我们建立了一个模型,可通过少量的基因组学特征来准确预测寿命。”

为了建立这个模型,研究人员首先研究了252种脊椎动物,这些动物的基因组可在NCBI数据库中找到,而且最大寿命可在AnAge数据库中找到。这些动物的寿命有长有短,既有寿命低至1.1年的青鳉鱼,又有寿命长达205年的粗眼石鱼。

他们根据42个启动子的甲基化来确定寿命预测因子,并指出训练集合中的已知寿命和预测寿命高度相关。对于所有物种,他们报告的绝对误差中位数为3.72年。尽管这种模型对不同脊椎动物而言都是准确的,但研究人员指出,哺乳动物的准确性最高。

接下来,研究人员利用这种预测因子来确定象科两个已灭绝成员的寿命,它们分别是长毛猛犸象(Mammuthus primigenius)和古菱齿象(Palaeoloxodon antiquus)。他们预计这两种象的寿命大约都是60年,与非洲大象的65年寿命相似。

同样地,他们还计算出灭绝物种-旅鸽(Ectopistes migratorius)的寿命大约为28年。1914年,最后一只旅鸽“玛莎”在美国辛辛那提动物园去世,旅鸽这个物种从此灭绝。据估计,玛莎死亡时的年龄介于17岁至29岁之间。

与此同时,研究人员还利用这种工具来衡量人类及其近亲的寿命,包括黑猩猩和已经灭绝的丹尼索瓦人和尼安德特人。人类最大寿命一直存在争议,因为随着现代医学的出现,人类的寿命已经增加了一倍。他们估计人类寿命为38年,与黑猩猩的39.7年寿命相似。丹尼索瓦人和尼安德特人的估计寿命均为37.8年。

研究人员还指出,利用这种工具可以确定那些特别长寿的动物的寿命。由于寿命太长,这些动物的年龄很难追踪。例如,他们预计弓头鲸的寿命为268年,比目前最年长的个体长了近60年。

此外,这种工具也可用于指导野生动物的管理,比如鱼类及其他水生动物的持续捕捞,并有助于维持种群的生存能力。(生物通 薄荷)

原文检索

Mayne, B., Berry, O., Davies, C. et al. A genomic predictor of lifespan in vertebrates. Sci Rep 9, 17866 (2019) doi:10.1038/s41598-019-54447-w

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