Arraystar m6A单碱基分辨率芯片

【字体: 时间:2019年12月04日 来源:康成生物

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  Arraystar m6A单碱基分辨率芯片利用RNA酶MazF对m6A敏感的特性,可在单碱基分辨率水平定位m6A位点,并对其进行定量。该芯片具有其它现存技术难以企及的优势,是研究m6A动态变化、生物学功能以及疾病相关性的强大工具。

Arraystar m6A单碱基分辨率芯片利用RNA酶MazF对m6A敏感的特性,可在单碱基分辨率水平定位m6A位点,并对其进行定量。该芯片具有其它现存技术难以企及的优势,是研究m6A动态变化、生物学功能以及疾病相关性的强大工具。Arraystar m6A 单碱基分辨率芯片技术拥有以下多种传统的m6A-Seq分析技术所不具备的优点:

• 一种检测m6A的正交实验方法。与以m6A抗体免疫共沉淀为基础的MeRIP或miCLIP等技术不同,芯片首次提供了一种不依赖于抗体的m6A系统性检测方法。了解详情>>
• 单碱基分辨率水平定位m6A位点。MeRIP-Seq技术的分辨率在100~200 nt左右,不能精准定位m6A,而芯片利用MazF酶,可在单碱基分辨率水平,准确检测m6ACA位点。了解详情>>
• 定量m6A修饰。芯片可对m6ACA位点进行定量,解决了检测m6A动态变化这个长期未得到满足的科研需求。了解详情>>
• 样本需求量少。与MeRIP-Seq需要> 120 ug RNA相比,芯片仅需要1 ug总RNA,适用于稀有样本,珍贵病理样本,尤其是组织部位、低产量的筛选细胞以及小的动物模型等样本。了解详情>>
• 可靠的位点收集与系统性注释。 Arraystar建立了特殊的收集注释流程,对Single-ACA、Poly-ACA和Cluster-ACA上的可定量m6A位点进行了可靠收集和系统性注释。了解这些m6A位点的功能意义,请点击此处

单碱基分辨率

RNA酶MazF可识别单链RNA上的ACA序列,并在第一个A的5’端进行切割,而如果第一个A携带m6A修饰(即m6ACA),则不能发生切割[5, 10](图1)。对经过MazF酶处理,因具有m6ACA序列而未被切割的RNA片段,以及未经MazF酶处理的Input RNA,进行双色标记,然后与Arraystar单碱基分辨率芯片杂交,从而得到单碱基分辨率水平的m6A定量值(图2)。该技术不依赖于半定量的m6A抗体免疫共沉淀技术,因此定量更加准确。


图 1. MazF 酶切割未甲基化的(ACA)序列而不切割甲基化的(m6ACA)序列。

Arraystar m6A单碱基分辨率芯片实验流程:

• 总RNA片段化处理与DNase消化;
• MazF酶处理,切割未甲基化的(ACA)序列而保留完成的甲基化(m6ACA)序列。等份的未经MazF酶处理的RNA作为Input;
• 加入外参RNA Spike-ins,用作杂交信号校正;
• 分别合成cRNA,Cy5(红光)标记MazF酶处理的样本,Cy3(绿光)标记未经MazF酶处理的样本;
• 将两种荧光标记的cRNA混合,并与Arraystar单碱基分辨率芯片杂交;
• 双色信号通道芯片数据分析与注释。


图2. Arraystar m6A单碱基分辨率芯片实验流程。

结果展示

m6A单碱基分辨率芯片结果提供丰而详细的生物信息学分析与注释,包括单碱基m6A化学计量、m6A定位、位点类型(Single-, Multiple-, clustered m6A位点)、转录本区域等等。它们是理解m6A动态变化、生物学功能、分子机制和疾病相关性的必要信息,是目前其它技术所无法提供的。

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