Arraystar m6A单碱基分辨率芯片

Arraystar m6A单碱基分辨率芯片利用RNA酶MazF对m6A敏感的特性，可在单碱基分辨率水平定位m6A位点，并对其进行定量。该芯片具有其它现存技术难以企及的优势，是研究m6A动态变化、生物学功能以及疾病相关性的强大工具。Arraystar m6A 单碱基分辨率芯片技术拥有以下多种传统的m6A-Seq分析技术所不具备的优点：

• 一种检测m6A的正交实验方法。与以m6A抗体免疫共沉淀为基础的MeRIP或miCLIP等技术不同，芯片首次提供了一种不依赖于抗体的m6A系统性检测方法。了解详情>>
• 单碱基分辨率水平定位m6A位点。MeRIP-Seq技术的分辨率在100~200 nt左右，不能精准定位m6A，而芯片利用MazF酶，可在单碱基分辨率水平，准确检测m6ACA位点。了解详情>>
• 定量m6A修饰。芯片可对m6ACA位点进行定量，解决了检测m6A动态变化这个长期未得到满足的科研需求。了解详情>>
• 样本需求量少。与MeRIP-Seq需要> 120 ug RNA相比，芯片仅需要1 ug总RNA，适用于稀有样本，珍贵病理样本，尤其是组织部位、低产量的筛选细胞以及小的动物模型等样本。了解详情>>
• 可靠的位点收集与系统性注释。 Arraystar建立了特殊的收集注释流程，对Single-ACA、Poly-ACA和Cluster-ACA上的可定量m6A位点进行了可靠收集和系统性注释。了解这些m6A位点的功能意义，请点击此处。

单碱基分辨率

RNA酶MazF可识别单链RNA上的ACA序列，并在第一个A的5’端进行切割，而如果第一个A携带m6A修饰（即m6ACA），则不能发生切割[5, 10]（图1）。对经过MazF酶处理，因具有m6ACA序列而未被切割的RNA片段，以及未经MazF酶处理的Input RNA，进行双色标记，然后与Arraystar单碱基分辨率芯片杂交，从而得到单碱基分辨率水平的m6A定量值（图2）。该技术不依赖于半定量的m6A抗体免疫共沉淀技术，因此定量更加准确。

图 1. MazF 酶切割未甲基化的（ACA）序列而不切割甲基化的（m6ACA）序列。

Arraystar m6A单碱基分辨率芯片实验流程：

• 总RNA片段化处理与DNase消化；
• MazF酶处理，切割未甲基化的（ACA）序列而保留完成的甲基化（m6ACA）序列。等份的未经MazF酶处理的RNA作为Input；
• 加入外参RNA Spike-ins，用作杂交信号校正；
• 分别合成cRNA，Cy5（红光）标记MazF酶处理的样本，Cy3（绿光）标记未经MazF酶处理的样本；
• 将两种荧光标记的cRNA混合，并与Arraystar单碱基分辨率芯片杂交；
• 双色信号通道芯片数据分析与注释。

图2. Arraystar m6A单碱基分辨率芯片实验流程。

结果展示

m6A单碱基分辨率芯片结果提供丰而详细的生物信息学分析与注释，包括单碱基m6A化学计量、m6A定位、位点类型（Single-, Multiple-, clustered m6A位点）、转录本区域等等。它们是理解m6A动态变化、生物学功能、分子机制和疾病相关性的必要信息，是目前其它技术所无法提供的。

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