Oxford Nanopore推出全新cDNA测序试剂盒[新品推荐]

【字体: 时间:2019年02月14日 来源:生物通

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  Oxford Nanopore公司近日推出了两款全新的cDNA试剂盒,适用于全长cDNA测序。这些试剂盒能够高通量地生成全长的cDNA链,而起始样本量最低只需要1 ng PolyA+ RNA。

Oxford Nanopore公司近日推出了两款全新的cDNA试剂盒,适用于全长cDNA测序。这些试剂盒能够高通量地生成全长的cDNA链,而起始样本量最低只需要1 ng PolyA+ RNA。

深入探索转录组的动力学,有助于研究人员了解如何解释特定时刻的生物体DNA代码。转录异构体和融合转录本的鉴定还能为疾病的诊断和治疗提供信息。同时,RNA测序也是一种快速有效的病毒鉴定方法,并应用在环境和农业科学中。

Oxford Nanopore的长读长cDNA测序方案让研究人员能够通过单次读取来测序百万条全长转录本。这让用户能够准确地鉴定转录组,并开展差异表达分析,而无需在成本和流程上有所妥协。

新上市的两款试剂盒分别是cDNA直接测序试剂盒(Direct cDNA)和cDNA-PCR测序试剂盒(PCR-cDNA)。在使用直接测序试剂盒时,不需要PCR,也避免了扩增偏好的影响。PCR测序试剂盒则适用于起始量极低的样本,如1 ng PolyA+ RNA。样本制备时间不到5小时,且几乎不需要手动操作。

这些cDNA试剂盒适用于Oxford Nanopore的所有设备,包括小巧的MinION、台式的GridION和高通量的PromethION。因此用户可以开展各种规模的转录组研究,从发现新的转录异构体、鉴定低拷贝数的转录本,到整个转录组的从头测序。

加拿大麦吉尔大学的Anthony Bayega及其同事就利用cDNA-PCR测序试剂盒和MinION,对混合性别的橄榄实蝇(olive fruit fly)胚胎的PolyA+ RNA进行全长cDNA测序。

转录组从头组装鉴定出3,553个新基因、8,330个与NCBI预测基因匹配的基因,以及79,810条转录本。总体而言,与NCBI预测的转录组相比,橄榄实蝇的转录组多样性提高了四倍。此外,这个数据集纠正了38个NCBI错误建模的基因。

Bayega表示:“Oxford Nanopore的cDNA测序试剂盒为我们提供了快速的工作流程、全长的定量转录本,并简化了我们的数据分析,因为使用短读长数据时需要进行复杂的统计考量,而现在不需要了。”

利用从雄性和雌性的橄榄实蝇中获得的长读长序列,研究人员进一步探索了性别决定所涉及到的基因。他们认为,这项工作首次深入剖析了橄榄实蝇胚胎转录组的复杂性,并有望在控制农业害虫中发挥作用。(生物通 薄荷)

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