Oxford Nanopore推出全新cDNA测序试剂盒[新品推荐]

Oxford Nanopore公司近日推出了两款全新的cDNA试剂盒，适用于全长cDNA测序。这些试剂盒能够高通量地生成全长的cDNA链，而起始样本量最低只需要1 ng PolyA+ RNA。

深入探索转录组的动力学，有助于研究人员了解如何解释特定时刻的生物体DNA代码。转录异构体和融合转录本的鉴定还能为疾病的诊断和治疗提供信息。同时，RNA测序也是一种快速有效的病毒鉴定方法，并应用在环境和农业科学中。

Oxford Nanopore的长读长cDNA测序方案让研究人员能够通过单次读取来测序百万条全长转录本。这让用户能够准确地鉴定转录组，并开展差异表达分析，而无需在成本和流程上有所妥协。

新上市的两款试剂盒分别是cDNA直接测序试剂盒（Direct cDNA）和cDNA-PCR测序试剂盒（PCR-cDNA）。在使用直接测序试剂盒时，不需要PCR，也避免了扩增偏好的影响。PCR测序试剂盒则适用于起始量极低的样本，如1 ng PolyA+ RNA。样本制备时间不到5小时，且几乎不需要手动操作。

这些cDNA试剂盒适用于Oxford Nanopore的所有设备，包括小巧的MinION、台式的GridION和高通量的PromethION。因此用户可以开展各种规模的转录组研究，从发现新的转录异构体、鉴定低拷贝数的转录本，到整个转录组的从头测序。

加拿大麦吉尔大学的Anthony Bayega及其同事就利用cDNA-PCR测序试剂盒和MinION，对混合性别的橄榄实蝇（olive fruit fly）胚胎的PolyA+ RNA进行全长cDNA测序。

转录组从头组装鉴定出3,553个新基因、8,330个与NCBI预测基因匹配的基因，以及79,810条转录本。总体而言，与NCBI预测的转录组相比，橄榄实蝇的转录组多样性提高了四倍。此外，这个数据集纠正了38个NCBI错误建模的基因。

Bayega表示：“Oxford Nanopore的cDNA测序试剂盒为我们提供了快速的工作流程、全长的定量转录本，并简化了我们的数据分析，因为使用短读长数据时需要进行复杂的统计考量，而现在不需要了。”

利用从雄性和雌性的橄榄实蝇中获得的长读长序列，研究人员进一步探索了性别决定所涉及到的基因。他们认为，这项工作首次深入剖析了橄榄实蝇胚胎转录组的复杂性，并有望在控制农业害虫中发挥作用。（生物通 薄荷）