单细胞测序方法这么多,用户该如何选择?

【字体: 时间:2019年04月01日 来源:生物通

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  近日,ABRF 2019年会在美国圣安东尼奥市举行。与会人员称,研究人员目前有越来越多的单细胞测序方法可供选择。

  

生物分子资源实验室协会(ABRF)是一个独特的会员协会,由700多名在资源和科研生物技术实验室工作的科学家组成。近日,ABRF 2019年会在美国圣安东尼奥市举行。与会人员称,研究人员目前有越来越多的单细胞测序方法可供选择。

去年,ABRF的基因组学研究小组以乳腺癌细胞系为研究对象,报告了多个单细胞RNA测序平台的优缺点,希望能够帮助研究人员找到最合适的平台。

在今年的会议上,发言者讨论了一些系统的优缺点,以及单细胞技术与其他组学技术如何互补。苏黎世联邦理工学院的EmilioYángüez在会上表示:“单细胞测序正在改变我们对生物过程的了解。”他指出,现在有许多不同的方案,可用于单细胞的分离和分析,而有些可能更适合某种类型的研究。

美国罗切斯特大学功能基因组学中心的联合主任、微生物学和免疫学助理教授John Ashton表示:“选择什么样的平台,取决于您的目标。”在有些项目中,研究人员会选择多个平台,或综合不同领域的工具,以满足他们的需求。

Yángüez表示,他所在的苏黎世功能基因组学中心作为单细胞测序方面的专家,拥有多个平台,适用于单细胞测序流程的各个方面,包括Fluidigm C1、10X Genomics的Chromium、Illumina的Smart-Seq2,以及华盛顿大学开发的SPLiT-seq方法。

Yángüez认为,某些类型的样本更适合某种平台,这取决于多个因素,包括细胞数量、细胞异质性、所需的覆盖度,以及下游分析。他指出,高度异质性的样本或临床样本最适合10x的平台,而样本数量少或测序覆盖度高的项目最适合Smart-Seq2。

在同一个项目中,Yángüez往往会使用多个平台。例如在研究肿瘤细胞时,他一开始使用10x的平台来鉴定细胞,然后利用鉴定出的细胞标志物来进行分选,之后采用Smart-Seq2方案对不同的细胞群进行更深度的鉴定。

与此同时,美国奥本大学的Fernando Biase将细胞谱系追踪方法与单细胞测序相结合,来研究早期发育阶段的分化。他曾于去年9月在《iScience》杂志上介绍了这种称为Rainbow-seq的方法。

Rainbow-seq是基于哈佛大学开发的Brainbow载体,它含有四种不同的荧光蛋白基因,可整合到细胞的基因组。经过处理后,细胞发出荧光,便于分裂时的追踪。将此方法与Smart-Seq2相结合,Biase追踪到哪个细胞发育成囊胚的哪个部分,然后寻找基因表达的相应变化。

Biase发现,小鼠细胞谱系在4细胞阶段就存在不同的分子图谱。他进一步指出,即使在2细胞阶段,细胞似乎也有所不同,因为子细胞分布不均匀,其中一个谱系贡献了更多细胞到与外胚层相关的内细胞团。
研究人员认为,单细胞方法和应用的增加也意味着人们需要优化更多步骤,并开发出最优方法。

“单细胞RNA-seq技术和方法正在迅速发展和改进,我们必须适应这一点,”Ashton谈道。“这些新技术需要优化和测试,才能了解它们在您手中如何发挥作用。”(生物通 薄荷)

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