PacBio测序改善造血干细胞移植HLA配型

英国安东尼•诺兰研究所的研究人员近日发现，患者在接受造血干细胞移植之前，采用PacBio测序进行超高分辨率的HLA分型，能够实现更好的配型，并明显提高患者的生存率。

　　

英国安东尼•诺兰研究所（Anthony Nolan Research Institute）的研究人员近日发现，患者在接受造血干细胞移植之前，采用PacBio测序进行超高分辨率的HLA分型，能够实现更好的配型，并明显提高患者的生存率。

这项大型的回顾性研究于上周发表在《Biology of Blood and Marrow Transplantation》杂志3月刊上。

HLA分型是对人类基因组中人类白细胞抗原（HLA）区域内的基因进行分析。在干细胞移植之前，人们需要利用HLA分型来寻找最佳的供体/受体配对，尽可能让移植患者获得良好结果。不过，HLA基因具有高度多态性，这使其很难用传统的技术来分析。

安东尼•诺兰研究所的科学家利用PacBio的单分子实时（SMRT）测序技术对HLA基因进行全面的定相和鉴定。在这项回顾性研究中，他们的目标是确定高分辨率HLA分型是否对之前匹配的供体和受体产生不一致的结果。

研究人员分析了891对供体和受体，所有这些在当时都被认为是完全匹配（12/12）。然而，SMRT测序结果显示近三成的匹配实际上并不完美，并且发现近四分之一的供体/受体存在以前未检测到的变异。

患者的匹配结果若得到超高分辨率HLA分型的确认，则五年总生存率达到54.8%，若只是通过标准技术来确认，则五年总生存率仅为30.1%。完全匹配的患者在移植后的12个月内也不大可能死于相关的并发症，且发生急性移植物抗宿主病的可能性也明显降低。

作者认为，第二代和第三代测序技术已经改变了HLA分型实验室的前景，让HLA基因的全面鉴定变得可行。“在我们看来，目前最佳的分型技术是Pacific Biosciences的SMRT DNA测序，它能够以HLA分型所需的高准确度对长达10 kb的单链DNA分子进行测序。”

这项研究强调了对之前无法鉴定的HLA基因区域进行测序的重要性，表明这些区域的多态性可能影响患者的总生存率。

这项研究的第一作者Neema Mayor表示：“我们对这一突破感到十分兴奋，关于如何匹配供体和受体，它带来了更多的信息。我们相信，超高分辨率的HLA配型最终能够进一步降低并发症的风险，如移植物抗宿主病，从而降低死亡风险，挽救更多生命。”（生物通 薄荷）

原文检索

Recipients Receiving Better HLA-Matched Hematopoietic Cell Transplantation Grafts, Uncovered by a Novel HLA Typing Method, Have Superior Survival: A Retrospective Study

DOI: https://doi.org/10.1016/j.bbmt.2018.12.768